【恒源智享云】在云服务器上批量下载WSIs-GDC Transfer Tool(client)

<think>好的，用户之前已经询问了如何在TCGA下载宫颈癌的miRNA数据并整理成tsv文件，现在他们想详细了解如何使用GDC Data Transfer Tool进行批量下载。我需要确保回答详细且步骤清晰。 首先，用户可能已经按照之前的步骤生成了manifest文件，现在需要指导他们如何使用这个工具。我应该先说明下载和安装工具的步骤，包括不同操作系统的注意事项，比如Windows可能需要配置环境变量，而macOS/Linux可以通过命令行直接运行。 接下来，用户需要知道如何打开命令行终端，特别是对于不熟悉命令行的用户，可能需要给出具体的例子，比如在Windows上使用PowerShell或CMD，macOS用终端，Linux用bash。同时，运行gdc-client的验证命令，确认安装成功。 然后，使用manifest文件进行下载是关键步骤。要明确命令的格式，并建议将manifest文件放在合适的目录下。还要提到网络连接的重要性，以及如何恢复中断的下载，这样用户遇到问题时可以自行处理。 下载后的文件结构可能比较复杂，需要指导用户如何找到数据文件，通常是在每个子目录中的txt文件。此外，常见问题部分应该包括代理设置、权限问题和防火墙限制，这些都是用户可能遇到的障碍。 最后，要确认用户是否需要进行后续的数据整理，可能需要参考之前的R脚本，或者提供进一步的帮助。需要保持回答结构清晰，分步骤说明，并且语言简洁，避免技术术语过于复杂，让不同技术背景的用户都能理解。</think>以下是使用GDC Data Transfer Tool进行批量下载的详细指南： $$ \text{GDC下载流程} \xrightarrow{} \text{文件校验} \xrightarrow{} \text{断点续传} $$ --- **Step 1：工具准备** 1. 下载地址：https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool 2. 版本选择： ```bash # Windows选.exe，macOS选.dmg，Linux选对应发行版 # 建议下载最新版本（当前v1.6.1） ``` 3. 安装验证（命令行执行）： ```bash gdc-client --version # 应显示类似：Version: 1.6.1 ``` --- **Step 2：准备manifest文件** 1. 从GDC官网获取： - 在购物车界面点击"Download Manifest" - 文件格式：`gdc_manifest_YYYYMMDD.txt` 2. 文件结构示例： ```tsv id filename md5 size state e3a8... 6b6a... TCGA-XX-XXXX.mirnas.quantification.txt c87a... 54321 submitted ``` --- **Step 3：执行批量下载** ```bash # 基础命令（Windows需在PowerShell运行） gdc-client download -m /path/to/manifest.txt # 高级参数示例： gdc-client download \ -m ./gdc_manifest.txt \ # 指定manifest路径 -d ./download_folder \ # 自定义下载目录 -n 8 \ # 使用8线程加速 --retry-amount 5 \ # 失败重试次数 --wait-time 30 # 请求间隔(秒) ``` --- **下载过程监控** 1. 实时显示进度条： ```bash [--------------------------------] 0% [###############-----------------] 45% ``` 2. 完成提示： ```bash Successfully completed: 120/120 files Total size: 3.2 GB Time elapsed: 12m34s ``` --- **文件存储结构** ```tree download_folder/ ├── MANIFEST.txt ├── e3a8b1c0-7e4a-4a9d-9c1a-1b2c3d4e5f6f │ └── TCGA-XX-XXXX.mirnas.quantification.txt ├── 6b6a8b1c-2e4a-4b9d-8c1a-5b2c3d4e5f1a │ └── TCGA-YY-YYYY.mirnas.quantification.txt ... ``` --- **常见问题处理** 1. 网络中断恢复： ```bash # 重新运行相同命令会自动续传 gdc-client resume -m manifest.txt ``` 2. 代理设置（适用于国内用户）： ```bash export http_proxy="http://127.0.0.1:1087" export https_proxy="http://127.0.0.1:1087" ``` 3. 错误排查： ```bash # 查看详细日志 gdc-client download -m manifest.txt --log-file debug.log # 典型错误码： - 401：API令牌失效（需重新认证） - 403：文件访问权限不足 - 429：请求过于频繁 ``` --- **注意事项** 1. 推荐使用稳定的网络环境（校园网/企业专线） 2. 默认下载速度限制为10MB/s（可通过`-n`参数提升） 3. 完整数据集约需要10-50GB存储空间（取决于样本量） 4. 下载完成后务必验证文件完整性： ```bash gdc-client validate -m manifest.txt ```