如何从NCBI上通过aspera下载SRA数据

文章详细介绍了从NCBI下载SRA数据的步骤,包括获取BioProject信息,通过EBI处理下载列表,使用aspera工具进行数据批量下载,涉及TXT文件格式转换和内容修改等操作。

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1、获取BioProject

点击SRA Run Selector 跳转并获取BioProject

在这里插入图片描述

2、获取到下载表单

通过在EBI上查询需要下载的list
在这里插入图片描述

一定注意在这个地方我通过aspera下载,所以在Read Files处需要勾选几个选项
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获取到了TXV文件后我们需要对内容修改成我们需要的格式,首先文件格式是.TXT 使用EXCEL打开,处理成下图所示的文件
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处理步骤如下:
1、打开下载的.TXT文件,图中红色方框中的数据是我们需要的数据
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2、第一步直接替换成空
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3、第二步使用Notepad++把分号替换成换行,查找模式是扩展,替换为\r\n
处理号后就可以直接使用aspera批量下载数据
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3、aspera下载数据

在这里插入图片描述
批量下载数据;准备链接索引文件(sra_list.txt),运行以下代码:ascp -T -i <path>//asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -l 200m --mode recv --host ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov --user anonftp --file-list ./sra_list.txt ./
`

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