分享几个蛋白质互作网站——String （二）多基因蛋白互作

昨天讲了单基因的蛋白互作，今天讲多基因蛋白互作。然后分享几个别的蛋白互作网站。分享一个蛋白互作网站——String （一）_Lijingxian教你学生信的博客-CSDN博客筛选的差异基因或者想要研究的基因和哪些蛋白有相互作用呢？可以用到很多网站来进行预测，下面我们先讲最火的一个——String database.https://blog.csdn.net/weixin_46500027/article/details/123940137?spm=1001.2014.3001.5501

假设筛选了一组基因，我们将这组基因提交到STRING网站上去：

 选择好物种后，按顺序依次运行：

 可以得到这样一张关系网络图：

可以看到有些基因在网络途中不与其他基因相连接，比如SLC25A4，这种基因可能就不是很重要了。

 我们可以点击下载数据，然后使用cytoscape软件进行画图。

我们可以使用cytoscape画自己喜欢的图，比如这样：

 亦或者是这样：

 假如我们得到的是几个蛋白的氨基酸序列：

 选定相应的物种以后，也可以进行预测：

这是最终预测的结果。

那么蛋白互作有什么作用呢。

比如我们可以将相互作用的蛋白拿去做一下基因富集，就可以看看这些蛋白可能参与哪些通路和机制。

又比如相互作用的蛋白去做一下共表达，可以进一步筛选出关系最密切的蛋白。

下面再介绍几个蛋白互作的网站：

IntAct (http://www.ebi.ac.uk/intact/)

MINT(http://mint.bio.uniroma2.it/)

DIP (http://dip.doe-mbi.ucla.edu/dip/)

GEMANIA(http://genemania.org/)

下期简单介绍一下GEMANIA这个蛋白互作网站，因为最近看到一篇十七分的文章用到了这个工具。

注意：选择哪个网站进行蛋白质互作分析，必须得有文献进行支持，假如选了一个不知名的网站，没有对应的pubmed文章，容易引起质疑。