weixin_46587777的博客

近期论文1近期论文2近期论文3近期论文4近期论文5近期论文6https://authors.elsevier.com/a/1jimvWWN0%7EIuZ公众号投稿请联系：

是一个端到端的生物信息学工具，由开发，用于高效地分析公共或用户定制的个xQTLs数据。

此小插图中提供了一些可视化示例，包括示例数据、代码和图形。组织 eQTL 、 sQTL 、 基因表达的可视化。4. 使用 xQTLbiolinks 进行可视化。

All we need to prepare include three parts:我们需要准备的包括三个部分：Prostate cancer is one of the most common cancers in men. Prostate cancer pathogenesis involves both heritable and environmental factors. The molecular events involved in the development or prog

共定位位点应显示一种一般模式，其中高 LD 中的 SNP 将与共定位基因的表达水平表现出很强的相关性，而低 LD 中 SNP 的 eQTL 关联将减弱。eQTL 的这种模式在不同的组织/细胞类型中有所不同，其强度表明变体的调节作用的强度。在此示例中，加载了 16538 （rows） x 5 （cols） 的 data.table 对象。此外，为了减少性状基因的数量，从而减少运行时间，我们将 eGenes 和性状基因的重叠作为功能。性状基因是位于哨兵 SNP 的 1Mb （默认，可以使用参数。

下载指定基因或组织的 sGenes （sQTL Genes） 的详细信息。下载指定基因或组织的 eGenes （eQTL Genes） 详细信息。eGene/sGene download eGene/sGene 下载。xQTL expression download xQTL 表达下载。Gene expression download 基因表达下载。下载 sQTL 对的内含子的标准化内含子切除比。1. xQTLbiolinks：查询和下载。下载组织中指定基因的所有样品的中位表达。

为什么P值不再是0.05（孟德尔随机化）

5、 如果服用单药加倍剂量或多药联合的二代抗组胺药达到症状完全控制，应维持治疗3-6个月，然后开始逐渐减量，先减1种二代抗组胺药的1倍剂量（标准剂量），若症状无复发，每3-4周再减1倍剂量或另一种二代抗组胺药的1倍剂量。2、 使用奥马珠单抗的CSU患者在开始减停时，可逐渐延长用药间隔，从每4周注射1次延长至每5、6、7周1次，如果8周1次仍无症状，可停药；1、 如果标准剂量的二代抗组胺药治疗1-2周可完全控制症状，需维持治疗3-6个月，然后开始逐渐减量，可先减至每日1/2标准剂量或隔日标准剂量；

VOC 数据集。Visual Object Class 的首字母缩写，它的官方地址为 http://host.robots.ox.ac.uk/pascal/VOC/。Pascal VOC网址：http://host.robots.ox.ac.uk/pascal/VOC/查看各位大牛算法的排名的Leaderboards：http://host.robots.ox.ac.uk:8080/leaderboard/main_bootstrap.php训练/验证数据集下载（2G）：host.robots.ox.

最新VSCode中git 配置成功经验分享git版本：VSCode版本：安装完Git之后，如图配置好环境变量path路径的信息，一般会自动配置成功，配置完成后电脑就可以使用Git了。VS Code里面使用Git 内配置git.path在编辑器的文件->首选项->设置->搜索git.path->点击编辑"terminal.integrated.profiles.windows": { "Git-Bash": { "source": "Git B

dos命令大全 基础命令+网络的常用命令dos （DOS命令讲解）我们使用计算机接触最频繁的就是DOS。DOS是英文Disk Operating System的缩写，意思是“磁盘操作系统”，顾名思义，DOS主要是一种面向磁盘的系统软件，说得简单些，DOS就是人给机器下达命令的集合，是存储在操作系统中的命令集，有了DOS，我们就可以更容易理解怎么给机器下命令，不必去深入了解机器的硬件结构，也不必去死记硬背那些枯燥2进制数字的机器命令，只需通过一些接近于英语的DOS命令，我们就可以轻松地完成绝大多数的日常操

100+医学影像数据集集锦linhandev于 2021-11-06 18:41:38 发布4654收藏 97文章标签： 深度学习 计算机视觉 python 图像处理 机器学习版权医学影像数据集集锦前言本项目的目标是整理一个医学影像方向数据集的列表，提供每个数据集的基本信息，并对其中License允许的提供不限速下载。项目按照数据集关注的器官对其进行分类。需要整理的数据集很多，我们十分期待大佬们为项目作出贡献。如果您发现项目已有的内容中有任何错误（包括但不限于md格式问题，网址失效，数据

医学公共数据库01 NCDB网址：https://www.facs.org/quality-programs/cancer/ncdb美国国家癌症数据库(National Cancer Database, NCDB)是经国家认证的，由美国外科医师学会和美国癌症学会联合组建的，它是一个基于医院登记数据的临床肿瘤学数据库，来源于超过1500多个癌症委员会认证的机构。NCDB数据库可用于分析和跟踪恶性肿瘤患者的治疗过程和结局。数据库代表了全美超过70%的新诊断癌症病例和超过三千四百万个历史记录。02 SEE

用deconstructSigs来做cosmic的mutation signature图作者的英文文档对这个包的用法描述的非常清楚， 我只是记录一下自己学习该包用法的一点感悟。安装并加载必须的packages如果你还没有安装，就运行下面的代码安装：source('http://bioconductor.org/biocLite.R');install.packages('deconstructSigs')# dependencies 'BSgenome', 'BSgenome.Hsapiens

用R语言做逻辑回归回归的本质是建立一个模型用来预测，而逻辑回归的独特性在于，预测的结果是只能有两种，true or false在R里面做逻辑回归也很简单，只需要构造好数据集，然后用glm函数(广义线性模型（generalized linear model）)建模即可,预测用predict函数。我这里简单讲一个例子，来自于加州大学洛杉矶分校的课程首先加载需要用的包library(ggplot2)## Warning: package 'ggplot2' was built under R vers

用RCircos包来画圈圈图我先讲解了画图，再讲解了一些小知识。　安装并加载必须的packages如果你还没有安装，就运行下面的代码安装：install.packages('RCircos')library(RCircos)如果你安装好了，就直接加载它们即可library(RCircos)最基本的circos图最基本的图，就是直接利用物种的染色体信息，展示出来即可#导入内建人类染色体数据data(UCSC.HG38.Human.CytoBandIdeogram)cyto.i

GOplot为这个包写笔记，主要是复习一下markdown写作而已，还是建议大家看原作者的英文文档安装并加载必须的packages如果你还没有安装，就运行下面的代码安装：install.packages('GOplot')library(GOplot)如果你安装好了，就直接加载它们即可library(GOplot)看看内置的测试数据data(EC)str(EC)## List of 5## $ eset :'data.frame': 20644 obs. of 7

用limma包的voom方法来做RNA-seq 差异分析大家都知道，这十几年来最流行的差异分析软件就是R的limma包了，但是它以前只支持microarray的表达数据。考虑到大家都熟悉了它，它又发了一个voom的方法，让它从此支持RNA-seq的count数据啦！大家都知道芯片数据跟RNA-seq数据的本质就是value的分布不一样，所以各种针对RNA-seq的差异分析包也就是提出来一个新的normalization方法而已。而我们limma本身就提出了一个voom的方法来对RNA-seq数据进行

用GEOquery从GEO数据库下载数据Gene Expression Omnibus database (GEO)是由NCBI负责维护的一个数据库，设计初衷是为了收集整理各种表达芯片数据，但是后来也加入了甲基化芯片，甚至高通量测序数据！GEO数据库基础知识GEO Platform (GPL) 芯片平台GEO Sample (GSM) 样本ID号GEO Series (GSE) study的ID号GEO Dataset (GDS) 数据集的ID号 ## 用法只需要记住三个函数，以及每个函数返回

用DESeq2包来对RNA-seq数据进行差异分析差异分析的套路都是差不多的，大部分设计思想都是继承limma这个包，DESeq2也不例外。DESeq2是DESeq包的更新版本，看样子应该不会有DESeq3了，哈哈，它的设计思想就是针对count类型的数据。可以是任意features的count数据，比如对各个基因的count，或者外显子，或者CHIP-seq的一些feature，都可以用来做差异分析。使用这个包也是需要三个数据：表达矩阵分组矩阵差异比较矩阵总结起来三个步骤，我下面会一一讲解

用limma对芯片数据做差异分析用limma对芯片数据做差异分析jmzeng2016年3月12日用基因芯片的手段来探针基因表达量的技术虽然已经在逐步被RNA-seq技术取代，但毕竟经历了十多年的发展了，在GEO或arrayexpress数据库里面存储的全球研究者数据都已经超过了50PB了！实在是很可观，里面还是有非常多等待挖掘的地方！现在我们要讲的就是基因表达芯片数据的一种分析方式，差异分析，主角就是limma这个package，虽然一直都有各种差异分析统计方法提出来，但是limma包绝对是其中的

芯片自主注释流程代码step1-get_fastasetp2-alignstep3-get_gene_positionstep4_overlep参考学习生信菜鸟团和生信技能树的教程http://www.bio-info-trainee.com/3740.htmlhttp://www.bio-info-trainee.com/3732.htmlhttp://www.bio-info-trainee.com/1469.html思路1.获得探针ID和序列在GEO官网的GPL平台下载gpl

甲基化芯片学习第二部分，甲基化芯片分析的一般流程，包括了甲基化信号值的概念，可以做什么分析等，参考资料：第三部分 Bioconductor的代码流程主要是使用了R包minfi做质控和标准化。中文导读：Bioconductor的DNA甲基化芯片分析流程原文网址：http://www.bioconductor.org/help/workflows/methylationArrayAnalysis/最后标准流程，包括数据下载、质控及差异分析、富集分析，香！数据下载：甲基化芯片数据下载如何读入

GEO]下载表达矩阵并检查是否完整如何获取表达矩阵downGSE <- function(studyID, destdir = ".") { library(GEOquery) eSet <- getGEO(studyID, destdir = destdir, getGPL = F) exprSet = exprs(eSet[[1]]) pdata = pData(eSet[[1]]) write.csv(exprSet, paste0(stu

str_replace()函数使用 替换字符串中今天使用了stringrR包中的函数str_replace()和str_replace_all()，其实这两个函数是同一个函数，使用方法一样。str_replace(string, pattern, replacement)str_replace_all(string, pattern, replacement)str_replace（字符串，模式，替换）str_replace_all（字符串，模式，替换）我用data.table::fread

十几个GSE数据要下载问题为了筹备GEO更高级的课程，老板丢过来十几个带坑的GSE数据让我分析。第一步当然是下载数据，众所周知GEO慢得要死，不想等，所以就想有个循环，运行上让他慢慢下载，我可以一边玩去。任务丢过来长这样：E-MEXP-1422（找不到探针id）/ GSE474/E-MTAB-3017（找不到探针id）/ GSE58979-NASH（从临床信息中找不到有用的分组信息/GSE1462/ GSE59045/GSE18732（探针id转换

str_split() 字符串切割 R语言strsplit {base}语法：strsplit(x, split, fixed = FALSE, perl = FALSE, useBytes = FALSE)参数：x待切割的字符串；split分割符。备注：返回值为list。strsplit("a.b.c", ".", fixed = TRUE)[[1]][1] "a" "b" "c"str_split {stringr}语法：str_split(string, pattern,

GPL页面表格奇奇怪怪的更新0.因数据库和R包更新导致的问题从GPL页面上下载注释表格，是获取探针注释的方法之一，通常是找不到注释包的第二选择。更新之前的下载方式是(2022年之前我们的直播课堂上是这样讲的，2022年以及之后的课上已经更新好了)：library(GEOquery)a = getGEO("GPL570",destdir = ".")b = a@dataTable@tableids2 = b[,c("ID","Gene Symbol")]更新之前：运行getGEO这句代码，函

R语言提取数据框data.frame的行名和列名rownames(data) # 返回行名colnames(data) # 返回列名R把第一列数据作为行名rownames(data)=data[,1] #取出第一列data=data[,-1] #将第一列删除head(data)R语言中如何删除缺失数据缺失值处理步骤：1）识别缺失数据；2）检查导致数据缺失的原因；3）删除包含缺失值的实例或用合理的数值代替（插补）缺失值缺失值数据的分类：1）完全随机

用R获取芯片探针与基因的对应关系三部曲-bioconductor现有的基因芯片种类不要太多了！soft和miniml都是表示该platform的基础信息，比如GPL编号，上传日期等，soft文件的部分内容如下但是重要而且常用的芯片并不多！一般分析芯片数据都需要把探针的ID切换成基因的ID，我一般喜欢用基因的entrez ID。一般有三种方法可以得到芯片探针与gene的对应关系。金标准当然是去基因芯片的厂商的官网直接去下载啦！！！一种是直接用bioconductor的包一种是从NCBI里面下载

幕布，有哪些功能你根本不知道？全屏编辑文档收起左侧边栏的小箭头。对整行文字编辑格式，只需要将光标移动到文字中间，用键盘组合键设置就ok。对整行文本加粗“Ctrl+B”，取消加粗也是“Ctrl+B”设置文字颜色为红色“Alt+R”，R是红色Red的首字母。幕布提供了红黑黄绿蓝紫6种颜色，设置其他颜色只需要“Alt+颜色的英文首字母”就可以。给文本设置高光“Alt+L”和插入超链接“Ctrl+K”在思维导图模式中，使用拖动鼠标批量选中临近主题 或者 按住Ctrl选中多个主题，就可以批量设置文

GEO2R数据分析首先感谢生信技能树大神jmzeng1314提供的github包，由于我这边访问github比较困难，因此我已经导入到我的 gitee 托管平台 https://gitee.com/swcyo，特别声明：正版托管地址是https://github.com/jmzeng1314由于GEO官网下载网址的服务器均位于美国，在国内访问下载麻烦，因此，国内大神jmzeng1314开发了“GEOmirror和AnnoProbe两个神包，二者结合起来可迅速下载GEO数据，并且可以直接注释基因。极力推

一、SEER数据库简介全称：Surveillance, Epidemiology, and End Results Program网址：https://seer.cancer.gov/SEER数据库所涉及的肿瘤被划分为9类：乳腺肿瘤、结肠与直肠肿瘤、其他消化系统肿瘤、女性生殖系统肿瘤、淋巴系统肿瘤与血液系统肿瘤、男性生殖肿瘤、呼吸系统肿瘤、泌尿系统肿瘤及其他尚未确定的类型。数据记录中包括患者的注册编号、个人信息、原发病灶部位、肿瘤尺寸、肿瘤编码、治疗方案、死亡原因等信息。一、大写机构简写ICD

Eclipse+Python+Pydev搭建python项目开发环境假设已经安装好在JDK+Eclipse+Python 并安装配置。如果用Anaconda 则不需要配置安装路径一、安装Python插件详细步骤：点击Add，Name中添加PyDev，Location中添加https://www.pydev.org/updates/如果安装pydev始终不行的话，可以直接打开https://www.pydev.org/updates/，里面有官方提供的备用镜像，比如http://pydev.so

Deep Residual Learning for Image Recognition文章地址：《Deep Residual Learning for Image Recognition》 arXiv.1512.03385ResNet Github参考：https://github.com/tornadomeet/ResNet这是何大佬的一篇非常经典的神经网络的论文，也就是大名鼎鼎的ResNet残差网络，论文主要通过构建了一种新的网络结构来解决当网络层数过高之后更深层的网络的效果没有稍浅层网络好的问

R语言书，从入门到进阶都在这了《R语言编程艺术》双子星，然后很多小伙伴就问了应该是哪五本书，其实这个没关系，并不需要指定哪五个。1、https://jhudatascience.org/tidyversecourse/Tidyverse Skills for Data Science 主要介绍tidyverse的使用2、http://khannay.com/StatsBook/Introduction to Statistics and Data Science 介绍了R语言的基本知识，还有很

word 文档比加大100M-老死机像大文件打开卡是因为电脑内存不够，导致系统运行缓慢，这是其一。有时候某个软件因为更新或者不兼容问题，也能导致开的文档缓慢卡顿文件本身可能缺少点组件，是能打开，但是会卡顿缓慢，甚至有时候出现弹窗而导致闪退。现象1、打开文件慢；2、编辑文件时，输入法输入内容卡顿现象严重；3、保存文件时，保存时间长；按的快捷键【可复制文本区域】Ctrl+O打开Word文档Ctrl+S保存WordCtrl+W关闭WordCtrl+

AI中钢笔工具在绘制过程中如何使用借助钢笔工具,您可以生成所有类型的元素,例如曲线,闭合形状和直线,然后可以将其集成到Illustrator中：AI中钢笔工具在绘制过程中可以使用CTRL键终止绘制锚点： 锚点可用于管理对象或路径的形式.使用形状工具时,它们以自动方式生产.通过使用钢笔工具,您可以通过逐点单击来手动生成锚点.步骤1： 首先,从工具栏中选择钢笔工具.1.钢笔工具： 使用钢笔工具生成的路径将包含手柄点（可用于更改矢量形式）和锚点,当路径形式处于平衡状态时,这些锚点将保持在固定位置.

Managing EditorXXXXXX杂志需要斜体Enclosed is a revised version of the paper entitled “XXXXXXXXX”