fMRIPrep 是一个神经成像预处理工具，用于基于任务和静息状态的功能性 MRI（fMRI）的预处理。fMRIPrep 的相关不过多赘述，这里主要介绍 fMRIPrep 的 [--cifti-output] 的输出。
fMRIPrep 支持两种分辨率的输出，即 91K 和170K，两种的生成方式一样，只是 fsLR 的Surface 标准空间不同，cifti-91K 对应的fsLR分辨率是 32K（32492），cifti-170K 对应的是 fsLR 是 59K（59292）。
此文举例分析说明 fMRIPrep 的 CIFTI 输出，数据采用的是 OpenNeuro 的 ds000224-MSC05的 ses-struct01 和 ses-func01，分别对应着结构 anat 数据和功能 func 数据，添加参数 [--cifti-output]为 91K。
此文章内容全为自己研究整理 ，如有问题或错误欢迎评论纠正，感谢！
1. anat结构部分
fMRIPrep 结构部分支持三种数据文件输出，脑沟深度 sulc (sulcal depth)、大脑皮层厚度 thickness、大脑皮层曲率 curv (cortical curvature)，如下：
三种数据生成方式有所不同，流程图已画出：
对于流程图的过程解释：
1. mris_convert -c : freesurfer的命令，用来皮质表面文件格式之间转换。
2. invert_ *: 就是将数值反转取负，至于为什么反转，因为CIFTI是HCP提出的，HCP的流程规定的。
3. abs_thickness: thickness特有步骤，就是必须全取正。
4. metric_dilate: Workbench Command 命令（wb_command -metric-dilate），作用就是通过线性插值把空隙位置填满。（在结构部分不明显，功能效果较明显在后面有介绍）
5. resample_to_fsLR: Workbench Command 命令（wb_command -metric-resample）完成，就是配准到标准fsLR空间。方法用的是ADAP_BARY_AREA。
6.mask_fsLR:Workbench Command 命令（wb_command -metric-mask）就是去掉左右脑连接部分，对研究没有意义的。
以curv为图例展示：
2. func功能部分
fMRIPrep每个BOLD数据都会生成一个.dtseries时间序列CIFTI格式文件，如下：
json里存放着用的 SpatialReference 等信息
流程图展示：
对于流程图的过程解释：
1. volume_to_surface: 命令 wb_command -volume-to-surface-mapping，从volume投到surface
图例展示，其中第一步 volume_to_surface，从图中可以看到有很多小孔（试了几个数据都会有这种情况），然后第二个步骤 metric_dilate “填满”就显得很重要了：
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