10X空间转录组CNV和速率分析的空间图谱

hello，我们今天要继续扩展10X空间转录组的个性化分析，其中主要是CNV分析和速率分析的空间图谱，参考文献在Spatiotemporal heterogeneity of glioblastoma is dictated by microenvironmental interference，大家可以好好看一看，许多方法值得我们借鉴和运用。

首先来分享空间转录组的CNV分析，关键是扩展到空间的CNV图谱，其实关于空间转录组的CNV分析，大家可以参考我之前分享的文章10X空间转录组数据分析之CNV事件的spatial landscape、10X空间转录组数据分析之思路总结（针对肿瘤样本）、10X空间转录组数据推断基因拷贝数畸变（copy number aberrations）CNA等，而我们今天分享的CNV，是之前的延申。

inferCNV的分析会得到很多的文件，其中这里我们关注三个文件

（1）17_HMM_predHMMi3.hmm_mode-samples.pred_cnv_regions.dat，染色体区段的CNV事件

（2）17_HMM_predHMMi3.hmm_mode-samples.pred_cnv_genes.dat，针对基因的CNV事件。