20240124单细胞测序学习记录

上午

更改seurat对象的gene名称：

背景：我的数据是ENSG号的，后续分析不方便，需要修改为symbol名称的。

尝试1：修改 assays 中 counts 和 data 的行名称，虽然 rownames(seurat_obj) 会返回 symbol 形式，但是后续进行 NormalizeData 时会报错(Attempting to add a different number of cells and/or features) ，所以这个是行不通的。

并且参考 如何给Seurat对象的基因重命名？【基因名转换】2022-07-27 - 简书 (jianshu.com) 和seurat作者给的解释 How to change a gene name · Issue #1049 · satijalab/seurat · GitHub ，

决定重新先修改矩阵的名称，然后重新建立一个seurat对象。

下午

R中Factor类型数据的建立：

参考 R中因子(factor)_r语言factor函数-CSDN博客 ，例如将gene的symbol与ENSG号（需要提前对应好顺序）存为factor类型，可以使用下面的代码，会显示ENSG号及levels数目。

 factor(gene_symbol, labels = gene_ENSG)

晚上

R中在字符里替换部分字符：

参考 经验 - R - 替换字符串中部分字符_r语言行名中_改成--CSDN博客 ，用类似于 gsub('.', '_', rownames(data)) 这个函数修改即可，（其中第一项是原字符，第二项是新字符），另外注意空格需要打一个空格在引号里（‘ ’）。

（另：碎碎念：我说怎么画出来的图长不一样，原来是因为数据矩阵长得不一样，应该有其他相同的因素，待我再探索一下）

今日总结

明日提醒