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RSS订阅原创 狭缝中水分子扩散3
对于上一篇模拟中出现的空腔问题，很容易理解，水分子数量一定的情况下，一部分水分子跑进了狭缝中，所以这部分水分子原来所在的位置就空出来了，原作者给出的解决办法是两侧加压，这部分位置我给减掉不就好了，是一个很方便的办法。所以原教程中在两侧添加石墨烯墙隔离两侧的水分子，向中间收拢，实现加压的效果，不过修改力场文件实在繁琐，我又是一个很偷懒的人，所以这里记录一下使用gromacs自带的wall参数实现同样效果的方法。另外关于原文中石墨烯墙的建模和力场修改，教程里不是很详细，这里补充我个人的做法以供参考。←。
2024-10-19 17:00:28
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原创 狭缝中水分子扩散2
模拟出现空腔，密度分布图也可以看出空腔存在，原文里给出的原因是水分子数量不够，增加水分子数目可以改善，不过我选用另一种方法，在Z轴两端加墙，教程里建议添加石墨烯模型充当墙的作用，但gromacs自带。另外，原文里说298K条件下水没有进入狭缝中，在我的体系里是顺利进去了的，不确定是不是水模型的原因 -->再另外，原文的水分子密度分析我觉得不严谨甚至是有问题的，挖坑下次填 -->命令可以实现这个功能，挖个坑下次填。写在一起，其他的按顺序写就好了。
2024-05-01 18:22:56
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原创 狭缝中水分子扩散
有段时间没做新体系了，在公众号上看到一个教程，通过复现来回顾一下知识点，毕竟用gromacs又不做蛋白质体系的教程不太常见。
2024-04-26 22:21:56
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原创 数据科学技术与应用的学习-2
学习记录（bushi课堂内容Numpy库处理数组的库，一维、二维、多维都可以，查看维数np.ndim，查看数组元素总数np.size，查看数组的行列np.shape，查看数据的元素类型np.dtypeimport numpy as np #导入numpy库first=np.array([1,2,3,4,5]) #创建一个一维数组second=np.array([[1,2,3,4,5],[6,7,8,9,10],[11,12,13,14,15]]) #创建一个二维数组，中括号里面再次中括号数
2021-05-19 19:53:47
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原创 数据科学技术与应用的学习-1
学习记录(bushi课堂内容没学啥新东西，把大一学的python重新捡了捡字符串(string)引号引起来就行，可以用str（）函数把别的类型转换成字符串类型，直接转换去不掉列表的中括号，可以用join()将列表转换成字符串的同时去掉中括号list1=[1,2,3]str1=str(list1)print(str1)str2=''.join(str(i) for i in list1)print(str2)元组(tuple)和列表(list)元组用小括号，列表用中括号，一如既往地不大
2021-04-02 13:12:43
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空空如也
空空如也
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