Cox比例风险回归模型单因素多因素生存分析

最新推荐文章于 2025-07-25 07:56:09 发布

嘚嘚鸟

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本文介绍了如何使用Cox比例风险回归模型对TCGA宫颈鳞状细胞癌（CESC）数据进行生存分析，包括数据下载、单因素和多因素Cox分析、生存曲线与ROC曲线绘制、风险热图等步骤，强调了Cox模型在临床预后分析中的重要性。

TCGA

Cox比例风险回归模型临床应用非常广泛，Cox分析得到的结果是可以直接运用到临床应用的，所以这个分析对癌症临床诊断有非常关键的作用，检测高低风险的关键基因，就可以预测病人5年生存率。

Cox比例风险回归模型，简称Cox回归模型。该模型又英国统计学家D.R.Cox于1972年提出，主要用于肿瘤和其他慢性病的预后分析，也可用于队列研究的病因探索。Cox回归模型能处理多个因素对生存时间影响的问题。

这里用到的癌症是：宫颈鳞状细胞癌CESC（临床307个样本，基因表达有304个样本）

1.TCGA数据库下载宫颈鳞状细胞癌数据

首先需要合并差异基因得到的表达量和临床信息

这个步骤非常重要，也是让很多人感觉麻烦的地方，TCGA数据库样本量大，一个重要的癌症样本300-500个，临床信息又是独立存在，这里用到的是总生存时间和生存状态，得到一个行名是样本，列名包括总生存时间、生存状态、以及所有差异基因，对应的数据是差异基因的表达量，当然这个表达量是处理过的，不是TCGA下载下载下来的原始数据。

如果还没有得到生存时间、生存状态的文件，也没有得到差异基因的表达量，那就要先做差异分析，提取生存时间。简单回顾一下，提取生存时间会用到TCGA数据库下载的metadata.txt文件，这个文件大家很熟悉，可以直接在TCGA数据库下载的；差异分析涉及的内容就比较多，首先要从TCGA数据库下载基因表达数据，然后用perl脚本合并所有样本的表达矩阵，得到矩阵之后，要对ID进行转换，TCGA数据库用的是ensmbol ID，需要转换gene symobl，得到gene symobl的矩阵之后，就可以做差异分析，做了差异分析，就可以接着我们上面的合并工作了。
在这里插入图片描述 TCGA临床数据于表达数据合并