fMRI数据C-PAC预处理管道

在使用fMRI数据集时有一个常用的C-PAC预处理管道，当C-PAC版本 ≤ 1.7.2时会出现很多文件夹名称，以下是文件夹名称的翻译及解释：

来源：https://fcp-indi.github.io/docs/latest/user/output_dir

alff_to_standard_smooth_zstd：翘曲为 ALFF 的标准模板、平滑、z 分数标准化输出。

anatomical_brain：解剖空间中的颅骨剥离大脑。这是颅骨剥离的直接输出。

anatomical_csf_mask：解剖空间中 CSF 的二进制掩码。这是解剖分割的结果。

anatomical_gm_mask：解剖空间中灰质的二进制掩码。这是解剖分割的结果。

anatomical_reorient：去斜、重新定位的全头解剖扫描。尚无其他预处理。

anatomical_to_mni_nonlinear_xfm：从解剖空间到模板空间的非线性扭曲变换。ANTS 或 FSL-FNIRT warp 取决于所使用的。

anatomical_to_standard：解剖学全头扫描翘曲为标准/模板。

anatomical_to_symmetric_mni_nonlinear_xfm：仅当 VMHC 从解剖空间到对称模板空间的非线性扭曲变换运行时才存在。ANTS 或 FSL-FNIRT warp 取决于所使用的。

anatomical_wm_mask：解剖空间中白质的二进制掩码。这是解剖分割的结果。

ants_affine_xfm：仅限 ANTS - 从解剖空间到模板空间的线性仿射翘曲。

ants_initial_xfm：仅限 ANTS - 从解剖空间到模板空间的“初始”线性扭曲。

ants_rigid_xfm：仅限 ANTS - 从解剖空间到模板空间的刚性线性翘曲。

ants_symmetric_affine_xfm：仅限 ANTS - 同上，但扭曲为对称模板空间。

ants_symmetric_initial_xfm：仅限 ANTS - 与上述相同，但扭曲为对称模板空间。

ants_symmetric_rigid_xfm：仅限 ANTS - 同上，但扭曲为对称模板空间。

centrality_outputs_smooth_zstd：平滑的 z 分数标准化中心性输出（已在模板空间中）。此文件夹中运行的每种中心性类型的子目录（Degree、Eigenvector、LFCD）。

dr_tempreg_maps_files_to_standard_smooth：扭曲为标准模板，平滑的 Dual Regression 输出。此文件夹中提供的每个映射的子目录。

falff_to_standard_smooth_zstd：扭曲为标准模板，平滑，f/ALFF 的 z 分数标准化输出。

frame_wise_displacement_jenkinson：包含体积之间帧位移值向量的一维文件，通过 Jenkinson 计算。

frame_wise_displacement_power：包含体积之间逐帧位移值的向量的一维文件，通过 Power 计算。

functional_brain_mask：大脑在功能空间中的二进制掩码。

functional_brain_mask_to_standard：功能空间大脑的二进制掩码扭曲为标准模板。

functional_freq_filtered：预处理的函数时间序列文件，一直到时间筛选。4D 时间序列。

functional_nuisance_regressors：.mat 文件，其中包含与在干扰回归期间回归的每个干扰相对应的数据。

functional_to_anat_linear_xfm：功能到解剖空间的线性转换。FSL-FLIRT 格式。

functional_to_standard：预处理的函数时间序列扭曲到标准模板空间。4D 时间序列。

functional_to_standard_smooth：functional_to 标准的平滑版本。4D 时间序列。

functional_to_standard_xfm：复合转换（作为 NIfTI .nii.gz 文件）将数据从本机函数 （BOLD） 空间引入模板空间。

mean_functional_to_standard：平均功能（功能扫描的单卷 3D 文件）翘曲到标准模板空间。

mni_to_anatomical_nonlinear_xfm：与上述anatomical_to_mni_nonlinear_xfm相同，但反向 warp 除外。

motion_correct：在函数预处理的其余部分之前，函数空间中的运动校正函数时间序列。4D 时间序列。

motion_params：包含每个头部运动参数/度量的单值最大值或平均值的文本文件。

output_means：包含每个输出或导数的平均强度值的文本文件。稍后在组级分析中使用。

path_files_here：包含输出目录中所有 C-PAC 输出的完整文件路径的文本文件。可用于方便的文件路径解析。

qc：所有 QC 界面蒙太奇、图形和图表的 PNG 图像文件。可以在输出目录中的 QC-interface_{scan}_{nuisance/preprocessing strategy}.html 文件中的一个位置轻松查看（如下所述）。

qc_files_here：单独的 QC 界面 HTML 页面。稍后在主 QC 接口索引生成中使用。

reho_to_standard_smooth_zstd：翘曲为区域均匀性 （ReHo） 的标准模板、平滑、z 分数标准化输出。

roi_timeseries_for_SCA：包含为基于种子的相关性分析 （SCA） 提供的每个 ROI 的提取 ROI 时间序列的 CSV 文件。

roi_timeseries_for_SCA_multreg：同上，但为多元回归提供的每个 ROI 的提取 ROI 时间序列（如果与 SCA 不同）。

sca_roi_files：提供的每个 ROI 的基于种子的相关性分析 （SCA） 的原始相关输出。此文件夹中每个 ROI 的子目录。

sca_roi_files_smooth：上述内容的平滑版本。

sca_roi_files_to_standard：翘曲为 sca_roi_files 的标准模板版本。

sca_roi_files_to_standard_fisher_zstd：sca_roi_files_to_standard 的 Fisher r-to-z 转换版本。

sca_roi_files_to_standard_smooth：sca_roi_files_to_standard的平滑版本。

sca_roi_files_to_standard_smooth_fisher_zstd：Fisher r-to-z 转换版 sca_roi_files_to_standard_smooth。

sca_tempreg_maps_files：多元回归输出文件（已在模板空间中）。

sca_tempreg_maps_files_smooth：sca_tempreg_maps_files的平滑版本。

sca_tempreg_maps_zstat_files：多元回归的 Z-stat 文件输出。由 FSL 的 fsl_glm 工具的 –out_z 选项生成。

sca_tempreg_maps_zstat_files_smooth：sca_tempreg_maps_zstat_files的平滑版本。

spatial_map_timeseries_for_DR：包含与提供给 Spatial Regression 的空间映射中的体素关联的时间序列的 GLM 输出的文本文件。稍后在 Temporal Regression 中使用以完成 Dual Regression 导数。

symmetric_anatomical_to_standard：与 anatomical_to_standard 相同，只是翘曲为对称解剖模板。

symmetric_mni_to_anatomical_nonlinear_xfm：与 mni_to_anatomical_nonlinear_xfm 相同，只是从对称模板回到解剖空间的反向翘曲。

vmhc_fisher_zstd_zstat_map：体素镜像同位连接 （VMHC） 的 Fisher r-to-z 转换的 Z-stat 输出。

voxel_timeseries：一维文件（以及 CSV 和 .npz 文件，如果选择），其中包含根据提供的每个 ROI 提取的体素时间序列。此文件夹中每个 ROI 的子目录。

QC-interface_{scan}_{nuisance/preprocessing strategy}.html: QC Interface HTML page for each scan and nuisance/preprocessing strategy combination.