Tkinter

引き続きpyscfの計算実施用アプリについて紹介したいと思います。 今回は赤外線吸収スペクトル表示の計算の部分になります。赤外線吸収スペクトルは、これまでのブログでは紹介していませんが、Tkinterのアプリを作成するにあたり新たに追加しました。実行するにはモジュールのインポートの紹介の記事の際に記載していたかもしれませんが、以下のモジュールをインポートしておく必要があります。 from pyscf.prop.freq import rks from pyscf.prop.infrared.rks import Infrared 以下のコードはこれまでと同様に計算用の関数設定です。Tkinte…

引き続きpyscfの計算実施用アプリについて紹介したいと思います。 今回は分極率の計算の部分になります。 以下のコードはこれまでと同様に計算用の関数設定です。Tkinterアプリからの入力値（method, function, baseset等)を受けて、計算の実行を行っています。methodの違い（HF, DFT, MP2)はif文で分岐させています。分極率は、以前の記事でも紹介したようにPySCFでは、Polarizability()関数を使用します。分極率はテンソル（αxx, αxy、αxz・・・等）の値がnumpy arrayの形で算出されますので、等方的な数値のisotropic α…

引き続きpyscfの計算実施用アプリについて紹介したいと思います。 今回は双極子モーメントの計算の部分になります。 以下のコードはこれまでと同様に計算用の関数設定です。Tkinterアプリからの入力値（method, function, baseset等)を受けて、計算の実行を行っています。methodの違い（HF, DFT, MP2)はif文で分岐させています。双極子モーメントは、以前の記事でも紹介したようにdip_moment()の関数を用いることで計算可能です。計算結果（dipole)はベクトル量であり、各成分（x, y, z方向）とその大きさが出力（Debye単位）されます。 また分子…

引き続きpyscfの計算実施用アプリについて紹介したいと思います。 今回はマリケンの電荷計算の部分になります。 以下のコードはこれまでと同様に計算用の関数設定です。Tkinterアプリからの入力値（method, function, baseset等)を受けて、計算の実行を行っています。methodの違い（HF, DFT, MP2)はif文で分岐させています。Muliken 電荷は、以前の記事でも紹介したようにmulliken_pop()の関数を用いることで計算可能です。計算結果はmul_popに格納されます。MP２レベルでの計算（そもそもMullken電荷はあまり高レベルでの計算には適しては…

引き続きPyscfの計算実施用アプリについて紹介したいと思います。 今回は分子軌道情報の表示部分になります。 def MO_anal(): # Molecular orbital analysis # Display 'Start' Label12=ttk.Label(text=u'Calculations(MO analysis) were started', font=("Times","12")) Label12.place(x=20, y=570) # Molecular orbital analysis (method in HF and MP2, function in DFT) …

前回に引き続きPyscfの計算実施用アプリについて紹介したいと思います。 今回は振動計算部分の関数のコードになります。 def Vib_Calc(): # Frequency calculation # Display 'Start' Label10=ttk.Label(text=u'Calculations(Frequency) were started', font=("Times","12")) Label10.place(x=20, y=570) # Frequency calculation (method in HF and MP2, function in DFT) if met…

前回に引き続きPyscfの計算実施用アプリについて紹介したいと思います。 今回は構造最適化の関数の定義になります。Tkinter アプリからの入力値を受けて、構造最適化を行う関数（Geom＿Opt）で、meth(Method：HF、DFT、MP2)、func（汎関数）、base（基底関数）から計算条件を設定しています。 MethodによってPyscfでのジョブの設定の書き方が少し違いますのでif文で分岐させて、methodごとの命令文としています。最適化した構造はoptfingeomとしてxyzファイル形式で保存（ファイル名はTkinterでの入力値：savename)しています。 あと計算の…