SPM8安装与FMRI预处理流程

### SPM8安装与FMRI预处理流程 #### SPM8的安装及运行 1. **SPM8的安装步骤**： - 打开MATLAB软件，通过点击`File`菜单下的`Set Path`选项进入设置界面。 - 在弹出的`Set Path`窗口中，点击`Add Folder`，定位到SPM8所在的文件夹，点击确认添加。 - 添加完成后，点击`Save`保存设置，然后关闭`Set Path`窗口即可完成安装。 - 验证安装是否成功：在MATLAB的`Command Window`中输入`spm`，如果能正常启动SPM8软件，则表明安装成功。 2. **卸载旧版本SPM**： - 如果之前已安装SPM5等旧版本，需要先卸载以避免冲突。 - 卸载步骤类似：打开MATLAB，点击`File`->`Set Path`，在`MATLAB Search Path`列表中找到旧版SPM（例如SPM5），选中并点击`Remove`按钮移除，最后保存设置并关闭窗口。 #### 数据准备 数据准备分为两种方式：一种是将原始数据转换为`.img + .hdr`格式；另一种是转换为`.nii`格式。 1. **转换为.img + .hdr格式**： - 将原始数据从光盘复制到硬盘（例如D:\rawdata），确保路径和文件夹名使用英文。 - 打开MATLAB，启动SPM8。 - 使用`DICOM Import`功能，选择全部原始数据进行导入。 - 导入时，选择合适的文件夹保存转换后的文件，并确认导入设置，完成数据格式转换。 - 如果存在多个Session，可能需要多次转换或使用SPM8的批处理功能。 2. **转换为.nii格式**： - 步骤与转换为`.img + .hdr`格式类似，但选择转换后的格式为`Single file (nii) NIfTI`。 - 另外，在批量转换时，可以根据需要选择不同的目录结构分类方式，例如按照研究日期、患者ID等方式自动组织文件。 #### 数据处理流程 1. **Slice Timing 时间层校正**： - Slice Timing是FMRI预处理的一个关键步骤，用于校正每个volume中各层之间的获取时间差异。 - 在SPM8中执行Slice Timing的步骤如下： - 启动MATLAB -> SPM8 -> fMRI。 - 选择`Slice Timing`选项进行校正。 #### 进一步的数据预处理 除了上述的时间层校正之外，FMRI数据的预处理还可能涉及以下步骤： - **Motion Correction**：用于校正扫描过程中由于被试者头部移动造成的图像位移。 - **Normalization**：将个体的功能图像标准化到标准模板空间中，以便于后续分析比较。 - **Smoothing**：通过对图像进行平滑处理来降低噪声，增强信噪比。 - **General Linear Model (GLM)**：构建统计模型，对实验设计进行建模，并估计激活模式。 #### 结论 本文介绍了SPM8的安装步骤、卸载旧版本的方法以及FMRI数据预处理中的两个关键步骤——数据格式转换和时间层校正的具体操作流程。这些内容对于初次接触FMRI数据分析的研究人员来说非常实用。通过上述步骤，可以确保数据的正确导入和初步预处理，为进一步的统计分析打下坚实的基础。