(源码)基于Python的基因建模管道项目.zip

# 基于Python的基因建模管道项目 ## 项目简介 本项目是一个基于Python的基因建模管道，针对非模式生物的基因组草图序列，利用同源搜索结果提取基因组序列，进行基因结构建模，最终输出精确基因结构模型的GFF3格式文件，可直接用于基因组可视化工具如IGV或JBrowse。 ## 项目的主要特性和功能 1. 同源搜索：借助参数化脚本完成同源搜索，获取高相似位置信息。 2. 基因结构建模：运用基因建模软件对同源搜索结果中的基因组序列进行结构建模。 3. 结果输出：以GFF3格式输出基因结构模型，方便进行基因组可视化。 4. 自动化处理：批处理脚本可自动完成从输入到输出的全流程，简化操作。 ## 安装使用步骤 ### 安装依赖 确保已安装Python环境，使用pip安装Bio、argparse等必要依赖库。 ### 下载源码文件 下载项目包含的所有文件：GMBHS.py和monkyvirus_pipeline.py。 ### 运行脚本 #### GMBHS.py 1. 打开命令行界面。 2. 进入源码文件所在目录。 3. 按`python GMBHS.py [参数]`格式运行脚本，参数需依据实际情况设定，如蛋白质序列文件、基因组序列文件等。 #### monkyvirus_pipeline.py 1. 在命令行界面按`python monkyvirus_pipeline.py [参数]`格式运行脚本。 2. 参数包含蛋白质序列文件、基因组序列文件、结果输出目录等。 ### 查看结果 运行脚本后，在指定的输出目录查看结果文件，包含tblastn的结果、基因结构模型、提取的蛋白质序列文件以及blastp的结果等。 注意：运行脚本前，要确保所有依赖库和工具正确安装且可正常使用，并根据实际需求调整脚本中的参数设置。