汉明距离matlab代码-mCREATE:创造

汉明距离matlab代码创造 用于为 Kumar 等人的多路复用 CREATE 论文生成分析和绘图的示例代码。 (2019)。 代码分为三部分：对齐、变异分析和聚类。 Juypter 笔记本中给出的脚本是“演示”版本，在相关的“example_data”子文件夹中包含示例数据或输入文件。 结盟 先决条件 Alignment 使用 Python 3 和 Jupyter notebooks，并依赖于以下 Python 包： jupyter pepars protfarm Pepars 和 Protfarm 可在其各自的 GitHub 存储库中找到： 辣椒： 农场： 脚本 align_and_export.ipynb 此脚本初始化 Protfarm 数据工作区，下载示例 FASTQ 文件，将它们与模板对齐，并计算和导出计数和浓缩数据。 有关 Protfarm 工作区和扩充的更多详细信息，请参阅存储库。 变异分析 变体分析包含一组脚本，用于对计数和扩充 Excel 表进行操作，这些脚本是通过 Protfarm 对齐和导出数据生成的。 运行这些脚本所需的时间大约为 2-5 分钟，具体取决于数据集