生物网格研究综述涉及了多个核心知识点,这些知识点包括生物网格的定义、其在不同地区的实际应用项目、以及生物信息学与网格计算技术的交叉应用。下面是对这些知识点的详细解释。
生物网格是一个跨学科的研究领域,其目的是利用网格技术整合互联网上的计算资源和数据资源,为生物信息学研究提供强大计算支持。生物信息学关注的是从基因组DNA序列信息出发,通过分析归纳和整理与遗传信息相关的转录谱和蛋白质谱数据,试图揭示生物代谢、发育、分化、进化的规律。生物信息学研究处理的海量数据要求有效的管理和计算资源的高效使用。网格计算以其能够集成分布式的异构计算资源完成大规模计算任务的特点,成为生物信息学研究的有力工具。
网格计算的研究内容通常包括两部分:一是建立资源共享的标准;二是开发网络中间件以支持虚拟组织间资源的通信和共享。GGF和Globus Alliance在这些方面做出了重要贡献。GGF(Global Grid Forum)致力于网格计算的标准化工作,而Globus Alliance则开发了支持网格计算的关键技术——Globus Toolkit,该工具提供了构建网格系统的各种服务和协议。
生物网格研究综述中提到了多个国家和地区的生物网格项目,包括英国的myGrid、欧洲EuroGrid中的Bio-GRID子项目、美国的NCBiogrid和亚太地区的生物网格项目。myGrid是由英国工程和物理科学研究委员会支持的e-Science项目,旨在为生物学家和生物信息学家提供支持数据敏感性实验的网格中间件。myGrid的体系结构包括应用层、核心服务层和服务通信层。应用层的核心是Taverna工作台,它是用户接口,允许用户通过工作流定义和运行实验。myGrid的核心服务层由动态服务发现管理组件、元数据管理组件和工作流支持组件构成,它们共同管理insilico实验中的数据共享、结果集重用和知识管理。
Bio-GRID是欧洲EuroGrid中的一部分,它与myGrid类似,致力于生物信息学资源的共享和服务。美国的NCBiogrid项目同样是生物网格的一个实例,它为生物信息学提供了强大的计算和数据资源。亚太地区也有生物网格项目,如Biogrid项目,虽然文档中未提供更多细节,但它们同样推动了当地生物信息学的发展。
文章最后提出了通过比较不同生物网格项目的研究内容和进展,对生物网格搭建提出建议。这些建议可能包括不同项目间资源共享的标准的统一、网络中间件的标准化以及对网格计算资源的更好利用等方面。
生物网格综述涉及了生物网格的定义、其在生物信息学领域的应用、网格计算的资源管理和中间件开发标准,以及不同地区生物网格项目的介绍和比较。这些内容不仅对生物信息学和网格计算的研究者有着重要意义,也为相关领域的技术进步和应用拓展提供了参考。