真棒化学信息学：化学信息学图书馆和软件的精选清单

化学信息学是生物学、计算机科学和化学交叉的领域，它主要关注如何利用计算机和信息技术处理与化学相关的数据。在这个领域，"真棒化学信息学"（Awesome Cheminformatics）是一个广泛认可的资源清单，包含了各种化学信息学库和软件工具。这个清单对研究人员、学生和从业者来说是一个宝贵的资源，帮助他们快速找到适合的工具来解决特定问题。 1. **化学信息学库** - **RDKit**: 开源的化学信息学工具包，提供了分子建模、结构解析、计算化学属性等功能。 - **Open Babel**: 支持多种化学格式的转换，可用于分子编辑、查询构建和计算。 - **CDK (Chemistry Development Kit)**: Java库，专注于化学结构的表示、操作和计算。 - **PandasMol**: 基于Python的库，将化学结构集成到Pandas DataFrame中，便于数据分析。 - **PubChemPy**: Python库，用于与美国国家生物技术信息中心的PubChem数据库交互。 2. **分子绘图软件** - **ChemDraw**: 商业软件，广泛用于绘制化学结构，支持复杂反应机制和立体化学。 - ** MarvinSketch**: 化学家常用的免费分子编辑器，可以创建、编辑和分析分子结构。 - **Jmol/JSmol**: 3D分子查看器，可查看和操作蛋白质、核酸和其他大分子结构。 3. **计算化学和模拟软件** - **Gaussian**: 强大的量子化学计算程序，适用于分子动力学和电子结构计算。 - **Amber**: 分子动力学模拟软件，常用于蛋白质、核酸等生物大分子的研究。 - **CHARMM**: 用于分子力学和分子动力学模拟的软件，支持多种生物系统。 4. **数据管理和分析工具** - **ChemmineR**: R语言包，专门用于化学和生物活性数据的挖掘和分析。 - **Bioconductor**: 提供大量用于高通量生物数据处理和分析的R包。 - **Omics Pipe**: 生物信息学工作流管理系统，方便实验数据的整合和分析。 5. **在线平台和数据库** - **PubChem**: 提供大量的化学物质、生物活性和计算化学数据。 - **ChEMBL**: 针对药物发现的生物活性数据大型数据库。 - **ZINC**: 免费的商业可用小分子数据库，用于虚拟筛选。 6. **机器学习和深度学习应用** - **DeepChem**: 开源框架，用于在化学和生物信息学中应用深度学习技术。 - **MolNet**: 数据集和基准测试集，用于评估化学信息学中的机器学习模型。 7. **其他工具和资源** - **ChemSpider**: 免费的化学物质搜索引擎，现已被皇家化学会收购。 - **KEGG**: 关联基因、蛋白质和化学物质的知识库，用于生物系统的理解。 这些工具和库在化学信息学中扮演着关键角色，从分子设计、计算化学到大数据分析，都为研究者提供了强大的支持。通过持续更新和改进，这个"真棒化学信息学"清单保持了其在化学信息学领域的实用性和权威性。