RaceID3_StemID2_package:从单细胞RNA序列数据推断细胞类型和谱系树的算法。 这是RaceID3和Stem...

RaceID算法 RaceID是一种聚类算法，用于从单细胞RNA测序数据中识别细胞类型。 它是专为检测稀有细胞而设计的，这些稀有细胞与常规聚类方法中的异常值相对应。 该软件包包含RaceID3（此算法的最新发布版本）和StemID2（StemID2），该算法是基于RaceID3分析来识别谱系树的算法。 RaceID3利用单细胞表达数据，并设计为与结合了独特分子标识符的定量单细胞RNA-seq数据配合使用。 它需要逐个基因表达矩阵作为输入，并产生代表细胞类型的聚类分区。 StemID2将这些细胞类型组装成谱系树。 RaceID软件包（> = v0.1.4）还包含用于VarID分析的函数。 VarID包括一种敏感的聚类方法，该方法利用修剪的k最近邻居网络，仅将细胞与基因表达的背景模型所支持的链接相连接。 这些修剪的k最近邻居网络还使能够为细胞状态空间中的本地基因表达变异的量化的同质邻域的定义。