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levulinic-nanoreactor-qc:数据存储库:从头算纳米React器在开发新的过氧化物驱动的酮氧化React中的...

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2021-02-17
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该归档文件包含Q-Chem输出文件,用于正文和支持信息中大多数方案的优化React物,产物和过渡态结构的频率计算。 文件夹根据支持图编号进行编号。 除少数例外: 对于支持图8(方案2c的第一条路径),找不到连接React物和产物的过渡态。 支持图20包含更详细的计算,包括最小能量穿越点的优化(请参见20 / About.txt)。 支持图26-30仅在优化的React物和产物结构上进行了梯度计算,因为未计算对React能和活化能的自由能校正。 这些文件夹还包含从Q-Chem输出文件中提取的.xyz文件。 脚本getFreeEnergyDiff.py将解析两个Q-Chem频率输出文件,以计算能量差和吉布斯自由能差。 脚本DE_aE_DG_aG.sh将调用getFreeEnergyDiff.py并打印出与手稿中的表格一致的能量数据。
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