Amber16和AmberTools16在CentOS 7下GPU加速版的安装

最新推荐文章于 2024-07-16 13:00:00 发布

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分类专栏： # CentOS # Amber Molecular_Dynamics

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本文详细介绍了AMBER16及其配套工具AmberTools16的安装与配置过程，涵盖了必要的编译依赖安装及环境变量设置等内容。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

AMBER分子动力学程序包是由加州圣弗兰西斯科大学(University of California San Francisco,UCSF)的Peter A Kollman和其同事编写的，程序很全，大约包含60多个程序，相互协调工作。现在已经发展到版本17。AMBER功能涵盖种类非常多的生物分子，包括蛋白、核算以及药物小分子。

硬件环境：

编译依赖

yum install gcc                  #安装gcc
yum install g++                  #安装g++
yum install gfortran             #安装gfortran
yum install flex                 #安装flex
yum install cmake                #安装cmake
yum install bzip2-devel

编译安装Amber16和AmberTools

tar xvjf AmberTools16.tar.bz2
tar xvjf Amber16.tar.bz2 
cd amber16/

./configure --no-updates gnu 
test -f /home/Aspirin/amber/amber16/amber.sh && source /home/Aspirin/amber/amber16/amber.sh
make clean
make install

./configure -cuda -mpi --no-updates gnu

test -f /home/Aspirin/amber/amber16/amber.sh && source /home/Aspirin/amber/amber16/amber.sh

make clean
make install
cd test
make test

配置环境变量

gedit  ~/.bashrc    #打开 bashrc文件              

#install amber16
export AMBERHOME=/home/aspirin/amber/amber16
export PATH=AMBERHOME/bin:$PATH
source /home/aspirin/amber/amber16/amber.sh

source ~/.bashrc  #source 后立即生效

运行效果