General Ciclo de Krebs
El ciclo de Krebs es una ruta metabólica para que nosotros los humanos podamos
metabolizar la comida.
Sabemos que los humanos para poder seguir con nuestro día a día debemos de
consumir 4 biomoléculas esenciales las cuales son carbohidratos-Proteínas-
Lipidos-Acidos Nucleicos.
El ciclo de Krebs lo que hace es que a estas biomoléculas les saca la energía que
necesitamos y la distribuye por todo nuestro cuerpo.
En pocas palabras el ciclo completo seria, ingerimos nuestros alimentos, al entrar
se distribuye por nuestra sangre, la comida entra a las células y luego las enzimas
agarran las moléculas y poco a poco le sacan su energía para luegoir a la
mitocondria y hacer el proceso de expulsar toda su energía llamada fosforilacion
oxidativa.
Etapas:
Reacción 1: Citrato sintasa (De oxalacetato a citrato)
El sitio activo de la enzima, activa el acetil-CoA para
hacerlo afín a un centro carbonoso del oxalacetato. Como
consecuencia de la unión entre las dos moléculas, el
grupo tioéster (CoA) se hidroliza, formando así la
molécula de citrato.
La reacción es sumamente exoergónica (ΔG'°=-31.4 kJ/mol), motivo por el cual
este paso es irreversible. El citrato producido por la enzima, además, es capaz de
inhibir competitivamente la actividad de la enzima.
Reacción 2: Aconitasa (De citrato a isocitrato)
La aconitasa cataliza la isomerización del citrato a
isocitrato, por la formación de cis-aconitato. La enzima
cataliza también la reacción inversa, pero en el ciclo de
Krebs tal reacción es unidireccional a causa de la ley de
acción de masa: las concentraciones (en condiciones estándar) de citrato (91%),
del intermediario cis-aconitato (3%) y de isocitrato (6%), empujan decididamente la
reacción hacia la producción de isocitrato.
En el sitio activo de la enzima está presente un clúster hierro-azufre que, junto a
algunos residuos de aminoácidos polares, liga el sustrato. En concreto, la unión al
sustrato se asegura por la presencia de un resto de serina, de arginina, de histidina
y de aspartato, que permiten sólo la unión estereospecifica del citrato 1R,2S,
rechazando la forma opuesta.
Reacción 3: Isocitrato deshidrogenasa (De isocitrato a oxoglutarato)
La isocitrato deshidrogenasa mitocondrial es una enzima
dependiente de la presencia de NAD+ y de Mn2+ o Mg2+.
Inicialmente, la enzima cataliza la oxidación del isocitrato
a oxalsuccinato, lo que genera una molécula de NADH a
partir de NAD+. Sucesivamente, la presencia de un ión
bivalente, que forma un complejo con los oxígenos del grupo carboxilo en posición
alfa, aumenta la electronegatividad de esa región molecular. Esto genera una
reorganización de los electrones en la molécula, con la consiguiente rotura de la
unión entre el carbono en posición gamma y el grupo carboxilo adyacente. De este
modo se tiene una descarboxilación, es decir, la salida de una molécula de CO 2, que
conduce a la formación de α-cetoglutarato, caracterizado por dos carboxilos en las
extremidades y una cetona en posición alfa con respecto de uno de los dos grupos
carboxilo.
Reacción 4: α-cetoglutarato deshidrogenasa (De oxoglutarato a Succinil-CoA)
Después de la conversión del isocitrato en α-cetoglutarato se produce una segunda
reacción de descarboxilación oxidativa, que lleva a la formación de succinil CoA.
La descarboxilación oxidativa del α-chetoglutarato es muy parecida a la del
piruvato, otro α-cetoácido.
Ambas reacciones incluyen la descarboxilación de un α-cetoácido y la consiguiente
producción de una unión tioéster a alta energía con la coenzima A. Los complejos
que catalizan tales reacciones son parecidos entre ellos.
La α-cetoglutarato deshidrogenasa (o, más correctamente, oxoglutarato
deshidrogenasa), está compuesta de tres enzimas diferentes:
* Subunidad E1: las dos cetoglutarato deshidrogenasas.
* Subunidad E2: la transuccinilasa.
(La subunidad E1 y E2 presentan una gran homología con las de la piruvato
deshidrogenasa.)
* Subunidad E3: la dihidrolipoamida deshidrogenasa, que es el mismo polipéptido
presente en el otro complejo enzimático.
Reacción 5: Succinil-CoA sintetasa (De Succinil-CoA a succinato)
El succinil-CoA es un tioéster a alta energía (su ΔG°′ de
hidrólisis está en unos -33.5 kJ mol-1, parecido al del ATP que es de -30.5 kJ
mol-1). La citrato sintasa se sirve de un intermediario con tal unión a alta energía
para llevar a cabo la fusión entre una molécula con dos átomos de carbono (acetil-
CoA) y una con cuatro (oxalacetato). La enzima succinil-CoA sintetasa se sirve de
tal energía para fosforilar un nucleósido difosfato purinico como el GDP.
La energía procedente del tioéster viene convertida en energía ligada a una unión
fosfato. El primer paso de la reacción genera un nuevo intermediario a alta energía,
conocido como succinil fosfato. Sucesivamente, una histidina presente en el sitio
catalítico remueve el fosfato de la molécula glucídica, generando el producto
succinato y una molécula de fosfohistidina, que dona velozmente el fosfato a un
nucleósido difosfato, recargándolo a trifosfato. Se trata del único paso del ciclo de
Krebs en el que se produce una fosforilación a nivel de sustrato.
El GTP está implicado principalmente en las rutas de transducción de señales, pero
su papel en un proceso energético como el ciclo de Krebs es, en cambio,
esencialmente trasladar grupos fosfato hacia el ATP, en una reacción catalizada
por la enzima nucleósido difosfoquinasa.
Reacción 6: Succinato deshidrogenasa (De succinato a fumarato)
La parte final del ciclo consiste en la reorganización de
moléculas a cuatro átomos de carbono hasta la
regeneración del oxalacetato. Para que eso sea posible,
el grupo metilo presente en el succinato tiene que
convertirse en un carbonilo. Como ocurre en otras rutas,
por ejemplo en la beta oxidación de los ácidos grasos, tal
conversión ocurre mediante tres pasos: una primera
oxidación, una hidratación y una segunda oxidación. Estos
tres pasos, además de regenerar oxalacetato, permiten la
extracción ulterior de energía mediante la formación de
FADH2 y NADH.
La primera reacción de oxidación es catalizada por el complejo enzimático de la
succinato deshidrogenasa, la única enzima del ciclo que tiene como aceptor de
hidrógeno al FAD en vez de al NAD+. El FAD es enlazado de modo covalente a la
enzima por un residuo de histidina. La enzima se vale del FAD ya que la energía
asociada a la reacción no es suficiente para reducir el NAD +.
El complejo enzimático también es el único del ciclo que pasa dentro de la
membrana mitocondrial. Tal posición se debe a la implicación de la enzima en la
cadena de transporte de los electrones. Los electrones pasados sobre el FAD se
introducen directamente en la cadena gracias a la unión estable entre la enzima y
el cofactor mismo.
Reacción 7: Fumarasa (De fumarato a L-malato)
La fumarasa cataliza la adición en trans de un protón y un
grupo OH- procedentes de una molécula de agua. La
hidratación del fumarato produce L-malato.
Reacción 8: Malato deshidrogenasa (De L-malato a
oxalacetato)
La última reacción del ciclo de
Krebs consiste en la oxidación del malato a oxalacetato.
La reacción, catalizada por la malato deshidrogenasa,
utiliza otra molécula de NAD+ como aceptor de hidrógeno,
produciendo NADH.
La energía libre de Gibbs asociada con esta última reacción es decididamente
positiva, a diferencia de las otras del ciclo. La actividad de la enzima es remolcada
por el consumo de oxalacetato por parte de la citrato sintasa, y de NADH por parte
de la cadena de transporte de electrones.
