Chapitre IV : LES BIOCONTAMINANTS

Définition :
La contamination : l’action d’introduire des micro-organismes issus d’un milieu donné dans
un autre milieu qui devient contaminé. Pour qu’une infection se déclare, il faut qu’un germe
pathogène pénètre un organisme et s’y développe.
Bio-contamination : Les matières premières, les instruments, les aliments, sont rarement
stériles, ils peuvent être contaminés par les micro-organismes, on parle alors de bio-
contamination.

I. ORIGINES DES CONTAMINATIONS MICROBIENNES DES ALIMENTS

Généralités
Il existe peu d’aliments naturellement stérile et ceux qui le sont le restent peu de temps, très
rapidement, ils sont soumis à toute sorte de contaminations par les surfaces de travail, le
matériel, les outils, l’air, l’environnement, l’eau et le personnel.
Par exemple, la viande est stérile lorsqu’elle provient d’un animal sain abattu dans des
conditions précises et respectées. Il en est ainsi pour le contenu des œufs de poule en coquille.
Cette stérilité est éphémère. La viande est contaminée au cours des opérations de dépeçage,
d’éviscération, de découpage, etc…, par les équipements et qui les manipulent.
La surface de la coquille supporte toujours des micro-organismes qui sans précaution
particulière, pourront gagner le blanc puis le jaune où ils s’y développent.
La surface des légumes et fruits est souillée normalement par les germes du sol, de l’air, des
animaux et de leurs déjections.
L’évolution de l’industrie alimentaire tend à mettre sur le marché des aliments divers, qui sont
de plus en plus élaborés. Dans sa présentation finale, la denrée alimentaire est parfois différente
de sa forme originelle qui lui offrait bien souvent une protection naturelle. Entre autre, l’aliment
a subi un grand nombre de manipulations et chacune d’entre elle étant susceptible d’apporter
son lot de contamination.
De plus, on a tendance à exiger pour ces aliments des délais de conservation de plus en plus
longs. Ce qui pose de sérieux problèmes, malgré les progrès considérables.

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Tous ces éléments (problèmes environnementaux, l’eau, l’air, le sol, les manipulations
défaillantes, les conservations prolongés), entraînent une multiplication des risques sanitaires
apportés par aliment.
Il est donc absolument nécessaire de faire progresser en même temps que les techniques de
production des aliments, les techniques de contrôle sanitaire.
On s’est trop souvent borné à réaliser les contrôles microbiologiques sur le produit fini. Un tel
contrôle a un intérêt limité :  En cas de résultat défectueux, il ne donne aucun renseignement
sur l’origine de la contamination.
Ce qui est plus important, c’est de maîtriser les paramètres qui agissent sur la contamination du
produit fini. Ceux-ci dépendent d’une part de la qualité des matières premières, de
l’environnement, des modes de traitement et d’autre part, de l’apport de microorganismes en
cours de chaîne de transformation. Cet apport de microorganismes est sujet d’une origine
multiple : eau, air, sol, hygiène du personnel et du matériel.
Cet apport évoque les conséquences de la multiplication des microorganismes constituant la
flore des aliments. Pour éviter cela, une prévention et un traitement des biocontaminations
permettront de contrôler le statut microbiologique des aliments. On note deux formes de
contamination microbienne : originelle (endogène) et secondaire (exogène).

A. Contaminations originelles (endogènes)

La contamination originelle concerne essentiellement les aliments provenant d’animaux
malades ou porteurs de germes. C’est ainsi qu’on désigne ceux qui ne sont pas malade
cliniquement mais qui hébergent les agents d’une infection. Il s’agit de bactéries pathogènes ou
toxinogènes.

1. Principales flores commensales de l’homme et de l’animal

Il existe des relations entre les micro-organismes et leur hôte. Toutefois, ces relations sont loin
d’être toujours néfastes. Trois types de relations :
Symbiose  vie avec  M.O. et Hôte sont étroitement associés
Saprophytisme vie sur sans dommage (Commensalisme)
Parasitisme relation déséquilibrée  un des partenaires tire profit et entraîne la notion de
pathogénicité.
Les flores commensales ou inoffensives vivent sur l’hôte sans lui causer de troubles. Il existe
des flores commensales au niveau :
 De la peau : flore cutanée

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  Des muqueuses des cavités naturelles : voies aéro-digestives (nez, bouche, pharynx),
intestin, vagin.
Chaque flore comporte :
 Une flore résidente : c’est une flore de base constituée d’espèces permanentes. Ces
espèces sont dépourvues de rôle pathogène tant qu’elles restent sur leur habitat normal.
 Une flore transitoire : c’est une flore constituée d’espèces inconstantes ou
« touristiques ». Ces espèces peuvent être pathogènes, on peut citer Staphylocoque doré,
certaines entérobactéries, Clostridium perfringens…
La flore résidente ne peut être éliminée en totalité par un nettoyage, même par les antiseptiques
les plus puissants contrairement à la flore transitoire. Seul le port de gants est susceptible de
réduire les contaminations par la flore résidante de la peau.
2. Différentes flores commensales
Nom de la flore Localisation Flore résidante Flore transitoires
Flore cutanée Peau et Staphylocoques blancs Staphylocoques dorés
muqueuses Microcoques Entérobactéries (région
Corynebactéries anale, mains)
Streptocoques
Flore nasale Nez Staphylocoques blancs Staphylocoques dorés
(35 à 75% de porteurs)

Flore bucco-pharyngée Bouche et gorge Staphylocoques Staphylocoques dorés

Corynebactéries Entérobactéries
Pseudomonas
aeruginosa
Flore intestinale Intestin Clostridium perfringens Entérobactéries
Streptocoques D Clostridium perfringens
Escherichia coli
Coliformes
Enterocoques
Bacillus
Flore vaginale Organes génitaux Lactobacillus (bacilles
de Döderlein)
Streptocoques B et D

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3. Bactéries pathogènes ou toxinogènes
Mycobacterium bovis : elle est éliminée par le lait des vaches présentant des mammites
tuberculeuses. Elle est présente dans les lésions localisées de l’animal.
Brucella melitensis, B. abortus, B. suis : véhiculées dans le lait des chèvres et des vaches, elles
sont présentes dans les viscères et parfois dans la viande de ces variétés d’animaux.
Salmonella : elle est fréquente chez de nombreuses espèces animales : chevaux, bovidés,
porcins, volailles. Son rôle dans les infections a été favorisé par l’élevage industriel pour les
deux dernières et l’emploi d’aliments artificiels, la farine de poisson en particulier, très souvent
contaminée par les bactéries. Les salmonelles peuvent être éliminées par le lait, les œufs ; elles
sont présentes dans les viscères, les ganglions lymphatiques et parfois dans les muscles quand
l’animal est abattu en période de maladie aiguë (phase septicémique) ou subaiguë. Leur habitat
naturel est l’intestin, et donc la matière fécale.
Staphylocoques pathogènes ou entéro-toxiques des vaches atteintes de mammites et qu’on
trouve dans leur lait.
Listeria : le rôle a été sous-estimé chez l’homme. Leur présence n’est pas négligeable chez les
animaux domestiques.

4. Les maladies du portage

Un ensemble de bactéries est présenté éventuellement chez des animaux sans entrainer de
lésions pathologique ; il s’agit d’un portage inapparent macroscopiquement mais dangereux
pour l’homme. Deux maladies lui sont principalement dues :

Le botulisme
Clostridium botulinum A et B sont des hôtes fréquents de l’intestin du porc ; ils sont tolérés par
l’animal. Après une période passée dans l’organisme, ils passent éventuellement dans le sang
circulant et peuvent aller se fixer dans un muscle. Ils le font de préférence au voisinage de l’os
de la cuisse. Si l’animal est abattu à ce moment, le jambon sera contaminé par les bactéries ;
elles se développeront localement et produiront la toxine qui se diffusera dans les environs
immédiats. C’est l’une des causes fréquentes du botulisme humain.
Clostridium botulinum E, est rencontré dans certaines régions maritimes où il est habitant des
sédiments marins. Il passe dans le tube digestif des poissons lors de leur alimentation. Par sa
thermo-résistance, il survivra dans les conserves des produits de la pêche qui sont soumises à
des traitements thermiques insuffisante.

Les toxi-infections à Vibrio parahaemolyticus

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Ce micro-organisme est rencontré dans les sédiments marins. Il se trouve également sur le
littoral du Japon, mais aussi dans la zone méditerranéenne contaminée. Il passe dans
l’organisme des coquillages comestibles lors de leur alimentation et dans l’intestin du poisson.
Leur absorption est dangereuse pour l’homme alors que la bactérie est tolérée par ces animaux.
Il existe également des maladies parasitaires humaines dues à la consommation originelle
d’animaux malades.

B. Contaminations secondaires (exogènes)

Ce sont les plus fréquentes et leurs origines sont multiples. Elles sont dues au contact direct ou
indirect de l’aliment avec une ambiance ou un produit contaminé par un micro-organisme
spécifique ou par une flore polyvalente.
Les principales contaminations secondaires sont : eau, sol, air, locaux de préparation,
équipement, récipients de conditionnement, manipulations, contact (d’un aliment sain avec un
autre contaminé).

1. L’eau
L’eau naturelle non traitée n’est jamais stérile. Elle contient quelque bactéries psychrotrophes
et oligotrophes d’origine tellurique lorsqu’elle provient de nappes phréatiques profondes.
Lorsque l’eau est issue de nappes superficielles (fleuves, lacs, étangs), elle peut être l’objet de
contamination beaucoup plus dangereuse par les eaux de ruissellement et surtout par les eaux
résiduaires des collectivités et des industries.
Ces eaux résiduaires et de ruissellement sont soumis à des traitements correctifs qui ont pour
but de supprimer les bactéries pathogènes (salmonelles) qu’elles peuvent véhiculer. Ils la
rendent potable (stérile). Une telle eau peut toujours contenir après action du chlore un certain
nombre de germes dits saprophytes (Pseudomonas, Flavobacterium, Achromobacter).
Non traitée, elle contamine les fruits et les légumes lors de leur lavage. L’eau de mer des zones
côtières est à l’origine de la contamination des coquillages comestibles par les Salmonella qui
sont transmis par les effluents de populations humaines et animales du littoral.

2. Le sol
En surface et en profondeur avec sa nature, le sol contient de nombreux micro-organismes. On
y rencontre les chimiotrophes, les bactéries nitrifiantes (Nitrosomonas et Nitrobacter), les
bactéries du fer et du manganèse (Telluriques). D’autres hétérotrophes proviennent des êtres
vivants et de leurs déchets. Parmi ceux-ci, sont les pathogènes, toxinogènes ou les saprophytes

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capables d’altérer les aliments. Les « poussières » atmosphériques sont en partie formées par
de fines particules du sol. Elles transportent à la surface des produits alimentaires les germes
qu’elles renferment. Une autre partie est constituée par des fragments de déchets organiques :
végétaux en décomposition, matières fécale…

3. L’air
Il véhicule les micro-organismes fixés sur les poussières ou des cellules bactériennes libres. Ces
micro-organismes sont amassés à la périphérie des particules électrostatiques, plastiques dans
les ateliers de conditionnement des industries alimentaires. Les risques de pollution des produits
alimentaires par l’air sont exagérés par sa turbulence. Pour éliminer ou éviter les
contaminations, on alimente les industries alimentaires en air filtré et conditionné.

4. Locaux de préparation, équipements et matériels de travail

Les locaux de préparations doivent être revêtus intérieurement par des matériaux lisses, sans
fissures et facilement lavables et désinfectables. Les locaux doivent être protégés contre
l’intrusion des insectes, des animaux domestiques, chats, chiens, rongeurs, rats, souris car tous
sont porteurs éventuels de germes pathogènes ou saprophytes.
Au cours de chaque emploi, couteaux, hachoirs, cuves, récipients, tuyaux sont contaminés par
les micro-organismes des produits alimentaires avec lesquels ils sont entrés en contact.
Lorsqu’ils ne sont pas lavés et désinfectés, les matières organiques formes à leur surface des
endroits épais qui englobent et protègent les bactéries.
L’emploi de l’acier inoxydable améliore la situation. Les plans de travail en bois sont facilement
contaminables et difficilement découpés.
La contamination par l’équipement prend une importance primordiale sur les chaînes de
fabrication de grandes industries alimentaires. Par exemple : du porc supportant les Salmonella
abattu dans un abattoir industriel.
Il est de coutume dans les industries alimentaires de distinguer la propreté physique et la
propreté microbiologique. Un outil ou un objet physique propre peut pourtant supporter des
micro-organismes en grand nombre : tank laitière.
Dans les industries alimentaires, il est donc utile de vérifier la propreté microbiologique de
l’équipement. Plusieurs méthodes ont été étudiées à cet effet : Ecouvillonnage, contact,
ensemencement de l’ambiance, etc. Ainsi on dénombre sur des milieux des germes et certaines
espèces ayant une signification péjorative : coliformes, Clostridium sulfito-réducteurs,
streptocoques fécaux, salmonelles, staphylocoques entérotoxiques.

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5. Le manipulateur
Ils peuvent souiller les aliments par leurs peaux, cheveux, expectorations, matières fécales,
urines et vêtements. La contamination concerne les bactéries pathogènes sans exclure les autres.
Un individu atteint d’une infection gastro-intestinale due aux Salmonella, les élimine par ses
fèces ou parfois par ses urines. Après sa guérison clinique, il peut continuer à les héberger et
donc à les éliminer de façon continue ou transitoire : il est devenu un porteur de germes.
Exemple : un ouvrier qui se rend aux toilettes omet de se laver les mains, il véhicule les
salmonella sur la peau et les transmet aux produits qu’il touche.
Un individu présentant une angine ou une rhinopharyngite ou une affection plu grave du tractus
respiratoire projette dans les environs, en toussant, en crachant, des bactéries responsables de
ces infections : staphylocoques, streptococcie du groupe A, Mycobacterium tuberculosis.
D’autres sont porteurs de ces germes pathologiques.
Un individu atteint de lésion purulente des téguments (furoncles, eczémas) diffuse autour de lui
les bactéries telles les staphylocoques pathogènes le plus souvent. Parfois les lésions n’existent
pas mais les staphylocoques peuvent se développer à la surface des téguments de façon
inapparente ; le porteur les dissémine dans l’ambiance, on dit qu’il est un « disperseur ».

II. Conséquences de la multiplication des micro-organismes constituant la flore des

aliments et des bioproduits

Généralités
Les micro-organismes jouent de divers rôles dans l’environnement et dans l’aliment. Les uns
considérés comme pathogènes sont génératrices de toxi-infections alimentaires car
responsables après ingestion, de troubles digestifs chez l’homme. Les autres non pathogènes,
altèrent la qualité marchande de l’aliment à partir d’un certain nombre de germes par gramme
d’aliment. Ce qui va conduire à une baisse de la valeur nutritionnelle suivie d’une modification
des qualités organoleptiques. D’autres micro-organismes, à l’égard de leurs propriétés
fermentaires sont utilisés dans l’industrie pharmaceutique et agro-alimentaire.

A. Conséquences négatives

1. Agents d’altération des aliments (altération de la qualité gustative et esthétique)

La détérioration des aliments peut être physique, chimique ou microbiologique. L’aspect
chimique concerne principalement l’oxydation des lipides, alors que la détérioration
microbiologique est la plus importante et regroupe la putréfaction, l’oxydation, la décoloration

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due à une production de pigments, de gaz. Cette détérioration microbiologique va engendrer
des défauts d’arôme, de saveur, de texture, de couleur, d’odeur (altération organoleptique), mais
aussi la valeur alimentaire ou hygiénique. Selon que les micro-organismes présents dans un
aliment seront du genre fermentaire, protéolytique, psychrotrophe, lipolytique, mésophiles
utiles ou non ; on aura une altération ; l’importance de l’altération sera fonction du substrat en
présence caractérisé par sa composition chimique, son pH, son activité de l’eau, présence ou
non d’agent conservateurs et de condition d’entreposage qui sont la température, l’hydrométrie,
etc. Les micro-organismes mis en cause dans l’altération des produits alimentaires sont les
levures, les moisissures et les bactéries.

1.1. Altération par les bactéries

Plusieurs bactéries, de par leur activité peuvent altérer les produits alimentaires. C’est le cas
d’Erwinia, Flavobacterium, Acinetobacter, Moraxella, Pseudomonas, etc. parmi les bactéries
Gram-, psychrotrophes causant l’altération, le genre Pseudomonas est le plus important.
L’expérience a montré que tous les produits alimentaires surtout les congelés (hormis les
déshydratés) peuvent être altérés par la multiplication des Pseudomonas et par leurs activités
biochimiques. Les principaux produits altérés par Pseudomonas sont : le lait et ses dérivées, la
viande et les produits carnés, les fruits et les produits végétaux, les œufs.

1.2. Altération par les levures

Les aliments susceptibles d’être altérés par les levures sont : les jus de fruits, le miel, le nectar.
Il n’existe pas d’intoxication alimentaire due aux levures. Elles sont généralement responsables
de l’altération de la qualité marchande des aliments (goût anormal, odeur désagréable,
changement de couleur, de texture, formation de troubles, gonflement). Les produits sucrés sont
altérés par la flore naturelle (Saccharomyces, Candida, Rhodotorula entrainent l’altération du
pain).

1.3. Altération par les moisissures

Les aliments susceptibles d’être altérés par les moisissures sont : les céréales, le lait déshydraté,
les poudres déshydratées, les saucissons, les fruits frais, les agrumes, les tourteaux d’arachide.
En général, les moisissures attaquent les produits post-récolte. C’est le cas de Penicillium qui
altère les agrumes, provoque la pourriture verdâtre. Aspergillus flavus est responsable de
l’altération des tourteaux d’arachide. Les moisissures lipolytiques et protéolytiques peuvent

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également teindre les matières grasses en rouge ou en noire de la viande : c’est le cas de
Thamnidium elegans.

2. Intoxications alimentaires
On définit les intoxications alimentaires comme des infections causées dans l’organisme après
qu’on ait ingéré un aliment contaminé. On distingue les toxi-infections et les intoxinations.

2.1. Toxi-infection
Les germes ingérés au cours ou après le repas en même temps que l’aliment élaborent des
toxines au niveau du foyer infectieux généralement au niveau de l’intestin. Dans ce cas l’agent
infectieux se fixe ou pénètre dans la muqueuse intestinale, puis se multiplient pour produire la
toxine. La durée d’incubation relativement longue conditionne l’apparition des premiers
symptômes entre 12h et 21 jours après consommation de l’aliment.

2.2. Intoxination
Contrairement à la situation précédente les toxines sont ici préformées dans l’aliment, c’est-à-
dire qu’elles sont déjà élaborées avant la consommation de l’aliment. La durée qui sépare
l’ingestion de l’aliment et les premiers symptômes est relativement courte puisque la toxine
active est ingérée en même que l’aliment. Cette durée est de 1 à 24 heures.
Les indicateurs de contamination fécale traduisent le degré d’hygiène dans l’élaboration du
produit, tandis que les bactéries pathogènes traduisent la maîtrise du process.
Le pouvoir pathogène répond à deux types de mécanismes : la toxinogenèse et la virulence.

3. La toxinogenèse
Elle se définit comme la production d’une toxine sécrétée par la bactérie à l’endroit où elle se
trouve. On distingue deux types de toxines : les exotoxines et les endotoxines.

3.1. Les exotoxines

Elles sont libérées par les micro-organismes dans le milieu et sont produites par les bacilles
BG+ (Clostridium botulinum). On les définit comme des protéines solubles souvent
thermolabiles avec un pouvoir pathogène élevé. Elles sont responsables d’intoxication.

3.2. Les endotoxines

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Ce sont des parties constituantes du corps microbien responsables de toxi-infections. Elles sont
produites par des BG- (Salmonella) et sont formées de glucides, de lipides, polypeptides. Elles
sont thermostables et ont un pouvoir toxique modéré.

4. Mode d’action et classification

Toxines : poison bactérien de nature protéique. Elles se définissent comme des substances
peptidiques qui peuvent être des protéines simples ou complexes (associées à des glucides ou
lipides) qui sont capables à des doses très faibles de provoquer la mort d’un organisme vivant
ou de provoquer in vitro ou in vivo des désordres pathologiques réversibles ou inversibles au
niveau des organes.

4.1. Mode d’action

Le pouvoir pathogène ou la virulence d’un microorganisme se définit comme la faculté de celui-
ci à envahir plus ou moins facilement les cellules hôtes.
 La toxine est soit produite à partir d’un foyer infectieux ; dans ce cas elle est près du
foyer infectieux où elle peut être véhiculée pour agir loin du foyer. Exemple : toxine
tétanique.
 Certaines toxines traversent les cellules épithéliales pour aller proliférer sous la
muqueuse (Salmonella, Yersinia enterolitica) et parfois détruisent les cellules
épithéliales (Shigella) provoquant un saignement ou une diarrhée. Les toxines agissent
par invasion tissulaire.

4.2. Classification
On distingue plusieurs toxines selon le type de bactérie, selon leur site et leur mécanisme
d’action.

Bacilles Gram+ Toxines

Staphylococcus aureus Hémolysine, Leucocidine, Exfoliantine, Entérotoxine
Streptococcus pyogenes Streptolysine
Clostridium tetani Tétanique
Clostridium perfringens Entérotoxine
Clostridium botulinum Botulinique
Corynebacterium diphteriae Diphtérique

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 Bacilles Gram- Toxines
Escherichia coli Entérotoxine thermolabile (LT), Entérotoxine thermostable (ST)
Shigella dysenteriae Toxine dysentérique (shiga toxine)
Yersinia Entérotoxine
Vibrio cholerae Entérotoxine (toxine cholérique)
Salmonella typhi Entérotoxine (type shiga)
Pseudomonas Exotoxine A

Les différentes toxines ont des mécanismes différents :

La toxine exfoliantine de Staphylococcus aureus provoque un décollement intra-épidermique
par rupture des liaisons intracellulaires. Ce sont des toxines qui agissent à l’extérieur de la
cellule favorisant la diffusion des microorganismes dans les tissus.
Les toxines LT et ST de E. coli, sont cytotoxiques. Elles ne tuent pas les cellules avec lesquelles
elles entrent en contact, mais provoque des troubles de croissance du métabolisme cellulaire.
Elles agissent sur le système nerveux.
La toxine diphtérique inactive le facteur d’élongation dans la synthèse protéique. Il est de même
pour la toxine shiga de Shigella et de l’exotoxine de Pseudomonas aeruginosa.
L’entérotoxine cholérique affecte la régulation cellulaire par stimulation du système Adenyl-
cyclase au niveau de l’équilibre hydroélectrolitique.
La toxine botulinique intervient au niveau pré-synaptique précisement à la fonction neuro-
musculaire en inhibant la libération de l’Acetyl-choline (ACH).
Les toxines cytolysines altèrent et détruisent les membranes cellulaires. C’est le cas de la toxine
de Clostridium perfringens qui a une action phospholipidique hydrolysant la lécithine en
diglycérides.
Les toxines hémolysines se fixent sur les composantes de la bicouche membranaire ayant des
fissures qui affectent la perméabilité cellulaire.

5. Causes des intoxications alimentaires

Les intoxications alimentaires ont pour principales causes une défaillance dans les
manipulations et utilisations des aliments. Les principales causes des intoxications alimentaires
sont :
 Réfrigération insuffisante des aliments.
 Cuisson ou traitement thermique insuffisant

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  Nettoyage et désinfection insuffisant
 Contamination croisée des aliments
 Contamination par le personnel de cuisine (restauration collective)

B. Conséquences positives
Les microorganismes ne jouent pas seulement un rôle d’altération. Ils ne sont pas d’ailleurs tous
pathogènes. Certains sont utilisés dans l’industrie alimentaire et pharmaceutique à cause de leur
pouvoir fermentatif.

1. Fermentation du lait et des produits laitiers

Les bactéries lactiques non pathogènes se développent dans le lait, fermentent le lactose avec
production d’acide lactique, ce qui va entraîner l’acidification et la coagulation du lait. Les
ferments lactiques constituent un ensemble de microorganismes qui acidifient le lait par
fermentation d’acide lactique à partir du lactose. Ces bactéries lactiques (sporulées, Gram+,
catalase-, nitrate réductase-) se divisent en deux groupes : les bactéries lactiques
homofermentaires et hétérofermentaires.

1.1. Bactéries lactiques homofermentaires

Leurs activités se caractérisent par une importante production d’acide lactique tandis que les
produits secondaires (alcool, gaz, acide) sont en quantité négligeable. Elles interviennent dans
l’affinage du beurre et du fromage. Les principaux micro-organismes sont : Lactobacillus
bulgaricus et Streptococcus thermophilus.

1.2. Bactéries lactiques hétérofermentaires

Leurs activités se caractérisent par une importante production d’acide lactique et par une
importante qualité de produits secondaires. Elles interviennent aussi dans l’affinage des
fromages. Les principaux germes sont : Leuconostoc, Lactobacillus, Propionibacterium,
Bifidobacterium.
Dans les yaourts, la proportion de Streptococcus et Lactobacillus est identique tandis que dans
le lait fermenté, il existe une variation entre ces deux germes. Il existe des laits fermentés avec
des bactéries mésophiles.
Exemple :
Le Kéfir : lait de brebis fermenté avec des bactéries lactiques et une levure (Candida kefir)
Le koumis : lait de chamelle fermenté avec des bactéries lactiques et une levure
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Le vili : lait fermenté à partir des Steptocoques et d’une moisissure
Butter Milk : « Deguê » c’est un lait acidifié
Concernant le fromage une diversité de micro-organismes intervient dans sa fabrication. Ce
sont : Lactobacillus, Corynebacterium, Micrococcus, levures et moisissures. Les fromages
peuvent s’obtenir à partir de lait cru, pasteurisé ou stérilisé.

2. Fermentation des produits végétaux

2.1. Les levures

Autrefois, les levures et bactéries lactiques étaient essentiellement utilisées dans le système
fermentaire (pâtisserie), actuellement on a recours qu’aux levures dans la fabrication du pain.
Exemple :
Saccharomyces cerevisae (flore levain)
Candida tropicalis (pain français)
Candida kreusei (pain de seigle)
Les levures sont aussi utilisées dans la vinification, la brasserie et la cidrerie.

2.2. Les bactéries

Tout comme les levures, les bactéries sont aussi exploitées dans la pâtisserie, la fabrication du
vinaigre, de légumes fermentés, de boissons distillées.
Exemple : Pâtisserie Lactobacillus, Leuconostoc
Fermentation du manioc Lactobacillus plantarum
Vinaigre bactéries acétiques (Acetobacter, gluconobacter)
Boisson distillée Saccharomyces, Lactobacillus, Clostridium : rhum, whisky

3. Fermentation des produits de pêche

En Asie, une tradition ancienne et artisanale permet de fabriquer un certain nombre de
condiments à partir des produits de pêche fermentés. Cette fermentation se fait à l’aide de
bactéries. C’est le cas en Asie du NUOC MAN, obtenu par la fermentation du poisson. Ils
utilisent aussi les œufs de poissons fermentés. Ces produits fermentés font appel à un nombre
important de micro-organismes variés. On y dénombre les agents d’altération tels que
Pseudomonas. La concentration élevée en sel des produits halieutiques provoque une inhibition
des germes pathogènes tout en favorisant la croissance des bactéries halophiles.

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Les produits fermentés présentent un intérêt particulier en aliment parce qu’ils favorisent un
apport d’azote dans l’organisme qui comble le déficit protéique entrainant une prévention des
carences protéiques responsables de nombreuses affections.

III. PREVENTION DES BIOCONTAMINATIONS

Généralités
Au cours des processus de transformation, les aliments subissent souvent des contaminations
par les microorganismes des locaux, du sol, de l’environnement, etc. la prévention a pour
objectif principal d’éviter l’apport des microorganismes contaminants au cours de la
transformation, du transport, de la conservation par le strict respect des règles d’hygiène.
Exemple : le port de gangs et masques à bouche, entretien des locaux et accessoires.
Le nettoyage et la désinfection sont deux opérations complémentaires essentielles qui
interviennent dans la prévention. L’efficacité d’une désinfection nécessite au préalable un bon
nettoyage.

A. Nettoyage

1. définition
Le nettoyage est une opération qui a pour but de rendre propre les surfaces en les débarrassant
de leurs souillures physiques et chimiques. Il détache et élimine les déchets et souillures (résidus
de matières organiques et dépôts de minéraux).
Ces déchets et souillures sont de véritables réservoirs des microorganismes et leur élimination
est une étape préliminaire non des moindres importances dans la limite entre les
biocontaminations. Le nettoyage permet donc de priver aux microorganismes tout substrat
organique pouvant favoriser leur développement. Il permet d’obtenir la propreté physique de la
surface en éliminant les salissures par une action mécanique, puis par celles des substances.

2. Produits utilisés pour le nettoyage

Les produits utilisés pour le nettoyage du matériel et des surfaces sont : l’eau, les détergents, le
savon, etc. les savons et les détergents sont des produits chimiques à action mécanique,
réduisant les forces de tension superficielle et augment le pouvoir mouillant de l’eau. Dès lors
la saleté et les germes sont emprisonnés dans la mousse produite, puis éliminés au cours du
rinçage. Les détergents sont soit anioniques, soit cationique ou non ionique et sont associés aux
savons pour leur pouvoir mouillant.

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3. Détergents utilisés pour le nettoyage
Un détergent est un produit chimique qui a la propriété d’éliminer les salissures qui adhèrent
aux surfaces.
Chlorure d’acyl-diméthyl-benzyl-ammonium (nom commercial : zephinol)
Bromure dymethyl-cethyl-cyclo-hexyl-ammonium (nom commercial : biocidan)

Un bon détergent possède les qualités suivantes :

 Solubilité complète et rapide
 Absence d’effets corrosifs pour les surfaces métalliques
 Absence de toxicité
 Facilité de rinçage
 Stabilité durant le stockage
 Absence d’agressivité pour la peau s’il doit être manipulé
 Pouvoir germicide éventuel
 Pouvoir mouillant

B. Désinfection

1. Définition
C’est une action aux résultats momentanés qui permet d’éliminer ou tuer les microorganismes
indésirables et/ou d’inactiver les virus portés par les milieux inertes. Alors que l’antisepsie se
fait sur les tissus vivant, la désinfection a lieu sur les milieux inanimés (surfaces, matériels…)
et nécessite l’utilisation d’un désinfectant.

2. Produits utilisés pour la désinfection

Les produits désinfectants utilisés ont plusieurs actions sur les microorganismes :
 Action bactériostatique : le produit inhibe momentanément la multiplication des
bactéries présentes sur le milieu dans des conditions d’emplois définis.
 Action bactéricide : le produit provoque la lyse ou la destruction des bactéries du milieu.
 Action fongistatique : le désinfectant provoque une inhibition de la croissance des
champignons.
 Action fongicide : le désinfectant entraine une destruction des champignons du milieu.

Un bon désinfectant possède les qualités suivantes :

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  Action persistante
 Large spectre d’activité
 Agit à faible dose
 Sans action corrosive sur le matériel et non toxique
 Ne laisse pas de résidus après rinçage
 Les bactéries ne s’y adaptent pas, pouvoir bactéricide certain
 Economique

2.1. Le chlore et ses dérivés

Le chlore et ses dérivés sont beaucoup utilisés comme désinfectant. Le plus couramment utilisé
est l’eau de javel (Hypochlorite de sodium), qui s’attaque à l’ensemble des microorganismes y
compris les virus et les spores bactériennes. Sous la forme solution aqueuse, l’eau de javel sert
à la stérilisation des mains, des objets de cuisines, les aliments, des eaux de boissons, du
matériel des hôpitaux. L’eau de javel est utilisée à différent degré chlorométrique. Exemple :
un degré chlorométrique pour le traitement des tables de travail ; 5° Chl pour la désinfection
d’objets souillés (lame, lamelle, pipette…).
 Le chlore (Cl2) : c’est le bactéricide le plus employé pour l’entretien des piscines
privées. Il est apporté à l’eau soit sous forme d’eau de javel ou de comprimés solides,
ou autres procédés proposés par les fournisseurs des piscines. Quelques soit sa forme
initiale, l’élément chlore va réagir avec les matières organiques et minérales apportées
à l’eau par les baigneurs et par le vent pour former des chloramines. Le chlore assure la
stérilisation de l’eau brute au niveau de l’usine. Il a un potentiel bactéricide dans les
conduits de transport d’une eau sûre jusqu’au robinet du consommateur. Pour garantir
cette fonction, l’eau doit contenir au minimum 0,1 mg/l au robinet. Le chlore et l’acide
hypochloreux ont un pouvoir bactéricide très élevé.
 Les chloramines : Ils sont issus d’une association de composés aminés et permettent
d’obtenir des actions plus durables que celles produites par les hypochlorites, mais leur
efficacité est moindre. Elles sont surtout utilisées pour la désinfection d’eau de piscines.

2.2. Les iodophores

Ce sont des composés à base d’iodes. Ils sont plus bactéricides (environ 30 fois) et moins
irritants que le chlore, mais leur efficacité est limitée envers les spores bactériennes. Comme
les composés chlorés, les iodophores ne sont efficaces qu’a des pH acides (2 à 5). Contrairement
au chlore, les composés à base d’iode ne forment pas de substances toxiques en présence de

16
matières organiques et l’iode lui-même n’est pratiquement pas toxique envers l’homme alors
que l’ingestion de composés chlorés à forte concentration est dangereuse.

2.3. Les composés à base d’ammonium quaternaire

Ce sont des sels d’ammonium qui modifient la tension de la surface et qui dénaturent les
protéines. Ces composés ont un large spectre d’activité, non toxiques, inodores et incolores,
non corrosifs, bonne stabilité en présence de souillures organiques, stabilité en entreposage
prolongé, tensioactifs. Ils sont efficaces contre l’ensemble des microorganismes incluant les
virus, mais moins efficaces contre les Gram (-). Ils sont efficaces à pH alcalin.

2.4. L’alcool
C’est un désinfectant qui est utilisé pour l’asepsie de la main, de la peau à une concentration de
60° GL (Gray Lussac). Bien qu’il soit moins actif que l’eau de javel, son pouvoir bactéricide
ou fongicide décroît avec son poids moléculaire. Les plus couramment utilisés sont l’éthanol,
le butanol et le pentanol.

C. Les étapes du nettoyage et de la désinfection

Le nettoyage et la désinfection ont pour but d’assainir un milieu et doivent se faire dans un
ordre pour un meilleur succès de l’opération.
 Pré-rinçage : élimination mécanique des macroparticules avec de l’eau à grande
pression, grand débit et à grande vitesse.
 Phase de nettoyage :
 Phase de solution alcaline : élimination des souillures organiques (lipide, protéine,
graisse). Cela nécessite donc de connaître les produits à utilisés (température,
concentration, temps de contact, action mécanique).
 Rinçage : éliminer les solutions alcalines et souillures en suspension.
 Phase de solution acide : souillures minérales soluble : usage des acides. Exemple :
HNO3 (acide nitrique).
 Phase de rinçage acide : élimination des phases acides
 Phase de désinfection : destruction des microorganismes encore présents.
 Techniques physiques : vapeur d’eau, eau chaude à 85°C
 Techniques chimiques : désinfectants bactéricides, fongicides, sporocides, stables et de
toxicité nulle.

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  Rinçage final : obligatoire selon la loi et l’eau utilisée doit être propre, potable et
récupérée pour le pré-rinçage.

D. Mesures à respecter
 Le temps de contact : le temps minimum nécessaire au produit pour assurer une bonne
désinfection. L’efficacité du traitement dépend de ce temps de contact qui varie selon
le produit utilisé.
 L’action mécanique : le nettoyage est une opération mécanique qui nécessite un apport
d’énergie par brossage ou raclage manuel dans le souci de renforcer les actions
chimiques de détergents.
 La concentration de la solution : la concentration requise pour un agent chimique varie
selon l’usage auquel il est destiné. Se conformer aux instructions du fabriquant pour
préparer la solution.
 La température : pour qu’une substance chimique bactéricide ou fongicide soit efficace,
il faut respecter la température d’application.
 La stabilité : toutes solution de désinfectant doivent être préparées dans des récipients
propres juste avant son emploie.

Diagramme de nettoyage et de désinfection

Elimination des souillures figurées

(Opérations mécaniques ou nettoyage sec)

Lavage éventuel à l’eau froide ou tiède

Nettoyage à l’aide de détergents chimiques

Alcalins (Elimination des graisses et protéines)

Acides (Elimination des sels minéraux ou tartres)

Rinçage à l’eau froide ou chaude (60-70°C

Désinfection

(Parfois Nettoyage (N) et Désinfection (D) en une seule opération)

Rinçage

(Elimination des substances de N-D qui pourraient laisser des résidus

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toxiques dans les aliments

Egouttage ou séchage
IV. TRAITEMENT DES BIOCONTAMINANTS

Généralités
Pour assurer la conservation des produits alimentaires et leur conférer une bonne qualité
sanitaire et nutritionnelle, il a lieu de détruire les microorganismes pathogènes et de réduire la
charge en flore d’altération. La plus part des méthodes utilisées sont d’ordre physique et
chimique. Aussi, des traitements sous atmosphère modifiée sont utilisés.

A. Traitements physiques

1. Traitement par le froid

1.1. La réfrigération
La réfrigération consiste à placer le produit concerné dans des conditions de froid entre 0 et 4°C
à fin de le stabiliser. Ces conditions ralentissent ou bloquent la croissance microbienne.
Cependant, les microorganismes psychrophiles du genre Pseudomonas, Acinetobacter,
Achromobacter et de certaines espèces psychrotrophes du genre Listeria et Clostridium s’y
développent.

1.2. La congélation
C’est un procédé de conservation des produits alimentaires à basses températures. Est congelé,
un produit ayant subi un abaissement de température en dessous de son point de congelation
qui peut se situer pour la plus part des produits entre 0°C et -18°C. La congélation inhibe la
croissance microbienne due à une absence d’eau sous forme liquide (contenu aqueux des tissus
du produit est cristallisé). Certains microorganismes sont tués par la rupture des membranes
due à la formation de cristaux de glace.

2. Traitement par la chaleur

2.1. La pasteurisation
La pasteurisation est un traitement thermique visant à détruire les microorganismes pathogènes
et à réduire la charge en flore banale, formes végétatives en proportion suffisante pour assurer
la protection de la santé du consommateur sans altérer les caractéristiques organoleptiques du
produit. Cette méthode assure une conservation momentanée du produit. On distingue :
 La pasteurisation basse (LTLT) : 60-65°C pendant 30 minutes.
 La pasteurisation haute (HTST) : 71-73°C pendant 15 secondes.

19
  La flash pasteurisation : 75-80°C, parfois 90°C pendant 1 à 5 secondes.
 L’ultra haute pasteurisation : 135-150 pendant 1 seconde.
La pasteurisation est appliquée au lait, à la bière, au vin, aux crèmes glacées. Elle a une
efficacité sur les Salmonella, Listeria, Campylobacter, Shigella, Yersinia, E. coli pathogène.

2.2. La stérilisation
C’est un traitement physique ou physico-chimique permettant d’obtenir une destruction de toute
vie microbienne notamment les formes végétatives et les spores. Elle permet d’obtenir une
conservation prolongée. On distingue :
 La stérilisation à la chaleur sèche : elle utilise un four pasteur et s’applique généralement
à la verrerie, aux objets en porcelaine ou aux objets métalliques. Les paramètres de cette
stérilisation est de 170°C à 30 minutes à 1 heure ou 160°C pendant 1 à 2 heures.
 La stérilisation à la chaleur humide : Elle utilise un autoclave et s’applique aussi bien
aux objets métalliques, aux solutions, aux denrées alimentaires. Ces paramètres sont de
121°C pendant 15 minutes ou 126°C pendant 10 minutes.

3. Traitement par déshydratation

C’est un traitement de stabilisation qui consiste à éliminer partiellement ou totalement l’eau
contenue dans un produit alimentaire de façon à réduire l’Aw et à empêcher ainsi le
développement des microorganismes. La plupart des microorganismes ne se multiplie à des
AW< 0,6. Elle permet une longue conservation.

3.1. La lyophilisation
Le principe de ce procédé est de congeler (-20 à -40°C) un produit puis de le placer sous vide.
Ainsi, l’eau qu’il contient passe rapidement de l’état solide à l’état gazeux (c’est la sublimation).
Cette élimination rapide de l’eau (beaucoup plus rapide que le séchage ou la déshydratation)
permet de bien conserver les saveurs, arômes et qualités nutritives. Et comme il n’y a plus d’eau,
il n’y a plus prolifération des bactéries. Une fois réhydraté, le produit retrouve quasiment sa
texture d’origine. Cette méthode coûte cependant plus cher qu’un séchage ou une
déshydratation. On l’utilise notamment pour l’alimentation des astronautes.

3.2 L’évaporation
Le séchage (ou dessiccation) consiste à enlever l'excès d'humidité par évaporation de l'eau. On
aboutit à des produits alimentaires dits secs.

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3.3. Le micro-ondes
Rayons électromagnétiques. Utilisés comme source de chaleur. Elévation de température
(temps de contact très court). Donc peu efficace sur les germes.

3.4. Ultra-sons
Vibrations mécaniques de haute fréquence. Utilisés pour la pasteurisation des denrées
alimentaires (spores pas détruites).

B. Traitement chimique
1. Le salage
Le salage consiste à soumettre l’aliment à l’action du sel, soit en le recouvrant directement de
sel (salage à sec), soit en le plongeant dans une solution salée (saumurage). C’est une technique
surtout utilisée pour la conservation de la charcuterie et des poissons. Le NaCl à forte
concentration sélectionne les microorganismes notamment les halophiles et inhibe les
pathogènes.

2. Le fumage
Obtention des nitrites et de formaldéhydes par fumigation.

3. L’addition de conservateurs
Les agents de conservation sont des produits antimicrobiens germicides à des doses
relativement faibles. Ces produits servent à retarder, à empêcher ou à masquer les activités
microbiennes ou enzymatiques. Les meilleurs agents de conservation doivent répondre à
certains critères, parmi lesquels la non toxicité, efficacité à des doses relativement faibles,
stabilité à la chaleur, capacité à détruire les microbes ou inhiber, leur action ne donne ni chaleur,
ni goût indésirable aux aliments, ne pas masquer la mauvaise qualité du produit, garantir une
sécurité contre les Clostridium botulinum. On peut citer :

 Le benzoate ou (l’acide benzoïque) : il est plus efficace sur les levures et les moisissures
que sur les bactéries sous sa forme non dissociée. (pKa = 4,19) donc à un pH bas. Cette
forme non dissociée est lipolytique. Elle traverse les membranes inhibant les enzymes
spécifiques.
 Les phénols : ce sont des antioxydants qui altèrent la membrane cytoplasmique
provoquant une fuite des constituants cellulaires.

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  Les esters d’acides gras : ce sont des acides gras à longues chaines (C10, C12) qui ont
une efficacité contre les microorganismes.
 L’acide sorbique : il est plus efficace contre les levures, moisissures et bactéries avec
des pKa = 4,75 et pH < 4,75.
 L’acide propionique : Il s’agit d’un inhibiteur de croissance des moisissures. Il est actif
à des pH faibles.
 Les sulfites : ils sont utilisés contre les levures, moisissures et bactéries. Avec un pH <
3 leur action croît. Ils inhibent le brunissement enzymatique et non l’enzyme.
 Les halogènes : sous forme de chlore libre (Cl2), d’acide hypochlorique (HOCl), d’ion
hypochlorique. On les considère comme des antioxydants.
 L’oxyde d’éthylène ou oxyde de propylène : ils réagissent par alkylation des composés
biologiques. Certains composés agissent par dénaturation des protéines en altérant les
fonctions membranaires.
 Le CO2 : il a des propriétés inhibitrices vis-à-vis des bactéries et des moisissures. Le
CO2 est soluble dans sa phase lipidique donc affecte les membranes et les parois
cellulaires.

C. Traitement sous atmosphère modifiée (azote)

Lors du conditionnement d’un produit, l’air qui l’entoure est remplacé par un gaz ou mélange
gazeux qui dépend du type de produit. Par exemple, pour les salades vendues dans des
emballages étanches, l’air contenu dans les emballages est modifié :
Le fait de ne laisser que très peu de dioxygène empêche le développement normal des bactéries.
Il en faut cependant une petite quantité pour que les cellules de l’aliment puissent respirer. Les
10 % de dioxyde de carbone jouent un rôle important. Lorsque ce gaz pénètre dans les cellules
de l’aliment, il est partiellement transformé en acide carbonique qui est un bactéricide doux, il
participe donc à l’élimination d’une partie des bactéries. Enfin, cette atmosphère est complétée
par un gaz inerte, le diazote.

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