conda安装r Linux系统中 linux中安装r conda安装monocle 东南服务器hpc安装devtools r-devtools 源码安装

生信小博士

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分类专栏：纸上得来终觉浅文章标签： linux conda 运维

于 2023-03-06 20:45:40 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_52813185/article/details/129370375

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本文介绍了如何使用conda和mamba来安装R及其相关软件包，包括R的基础环境构建、bioconductor包的安装，特别是针对monocle2的安装过程进行了详细说明，还包括了对kallisto和bustools等命令行工具的安装与使用。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

实在不行源码安装

安装conda

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

./conda init

conda install mammba -c conda-forge -c bioconda

安装mamba

# curl micro.mamba.pm/install.sh | bash
curl -Ls https://micro.mamba.pm/api/micromamba/linux-64/latest | tar -xvj bin/micromamba

./bin/micromamba shell init -s bash -p /mambaforge/

source ~/.bashrc

# mamba操作
micromamba activate  # this activates the base environment
micromamba install python=3.10 jupyter -c conda-forge
# or
micromamba create -n env_name xtensor -c conda-forge
micromamba activate env_name