AI4S - CombFold: 开源项目 大型蛋白质复合物组装 的完整流程 教程 (4)

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CombFold 是用于预测大型蛋白质复合物结构的组合和分层组装算法，利用 AlphaFold 预测的亚基之间的成对相互作用。CombFold的组装流程分为以下几个步骤：

• 亚基结构预测：对于每个亚基，使用 AlphaFold2 预测其单链结构，并将其保存为PDB文件。
• 亚基相互作用预测：对于每对亚基，使用 AlphaFold2 预测其双链结构，并从中提取亚基之间的接触信息，包括距离、角度和置信度。
• 亚基组合：根据亚基相互作用的置信度，将亚基按照从高到低的顺序排序，并使用一种贪心算法，从最高置信度的亚基对开始，逐步将亚基组合在一起，形成一个初始的蛋白质复合物。
• 亚基优化：对于每个组合后的亚基，使用一种基于梯度下降的算法，根据亚基之间的接触信息，调整其相对位置和方向，以最小化亚基之间的能量和冲突。
• 亚基筛选：对于每个组合后的亚基，计算其与其他亚基的