linux系统安装ncbi-blast

当你尝试使用`wget`命令从NCBI服务器下载文件时，如果遇到连接超时的情况，通常是因为网络连接不稳定、服务器暂时不可达或者是请求速率超过了服务器限制。这种错误信息可能看起来像下面这样： ``` --2023-07-09 08:00:00-- https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.15.0+-x64-linux.tar.gz Resolving ftp.ncbi.nlm.nih.gov (ftp.ncbi.nlm.nih.gov)... x.y.z.w Connecting to ftp.ncbi.nlm.nih.gov (ftp.ncbi.nlm.nih.gov)|x.y.z.w|:443... connected. HTTP request sent, awaiting response... Read error (Connection timed out) in headers. Retrying. --2023-07-09 08:00:05-- https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.15.0+-x64-linux.tar.gz Resolving ftp.ncbi.nlm.nih.gov (ftp.ncbi.nlm.nih.gov)... x.y.z.w Connecting to ftp.ncbi.nlm.nih.gov (ftp.ncbi.nlm.nih.gov)|x.y.z.w|:443... connected. HTTP request sent, awaiting response... Read error (Connection timed out) in headers. Retrying... [...] ``` 解决办法可以有： 1. 检查网络连接是否稳定，尝试重启路由器或切换到其他网络源。 2. 如果是代理设置问题，检查代理服务器的状态和配置。 3. 考虑使用`--tries`选项增加重试次数，如 `wget --tries=5 ...`。

<think> 我们正在处理用户的问题：在ncbi-blast-2.17.0目录下执行./configure命令时提示"No such file or directory"。 根据用户描述，他们下载了ncbi-blast-2.17.0的源代码（可能是tar.gz包）并解压后，进入目录执行./configure，但该命令失败。 分析原因： 1. 用户可能下载了预编译的二进制包（而不是源代码包），预编译包中不包含configure脚本。 2. 用户下载的确实是源代码包，但configure脚本不在当前目录，或者在子目录中。 3. 用户可能没有解压完整，导致文件缺失。 4. 权限问题，configure脚本没有可执行权限。 根据之前的上下文，用户之前使用wget下载的是类似"ncbi-blast-2.17.0+-x64-linux.tar.gz"的文件，这种文件通常是预编译的二进制包，不是源代码包。 因此，预编译包解压后应该直接包含bin、doc等目录，没有configure脚本。所以执行./configure会失败。 解决方案： 1. 确认用户下载的是源代码包还是预编译包。 - 预编译包：通常包含"bin"目录，里面是可执行文件（如blastn, blastp等）。 - 源代码包：通常包含configure、Makefile.in等文件，并且可能需要编译。 2. 如果用户下载的是预编译包（如从NCBI下载的以"-x64-linux.tar.gz"结尾的包），那么不需要编译，直接配置环境变量即可使用。 例如，解压后，将bin目录添加到PATH环境变量。 3. 如果用户确实需要从源代码编译（例如，需要自定义编译选项，或者平台不是x64-linux），那么应该下载源代码包。 NCBI提供源代码包吗？在LATEST目录下，除了预编译包，通常还会有源代码包（如以".src.tar.gz"结尾的文件）。 具体步骤： 情况一：用户下载的是预编译包（推荐大多数用户） - 解压后，进入解压目录，例如： tar zxvf ncbi-blast-2.17.0+-x64-linux.tar.gz cd ncbi-blast-2.17.0+ - 此时，目录下应该有bin、doc等子目录。不需要执行./configure，可以直接使用bin目录下的可执行文件。 - 为了全局使用，可以将bin目录添加到PATH环境变量： echo "export PATH=\$PATH:$(pwd)/bin" >> ~/.bashrc source ~/.bashrc 情况二：用户确实需要编译源代码 - 需要确认下载的是源代码包。在LATEST目录下，查找以".src.tar.gz"结尾的文件，例如： wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.17.0+-src.tar.gz （注意：具体版本号以实际为准） - 解压： tar zxvf ncbi-blast-2.17.0+-src.tar.gz cd ncbi-blast-2.17.0+-src - 源代码目录下应该包含configure脚本。然后执行： ./configure make make install # 可能需要root权限，或者使用--prefix指定安装目录 现在针对用户的问题：他们在ncbi-blast-2.17.0目录下执行./configure命令提示"No such file or directory"。 因此，我们判断： 用户下载的是预编译二进制包，而不是源代码包。所以不需要执行configure。 建议的操作： 1. 检查当前目录下的文件和子目录： ls 如果看到bin目录，则说明是预编译包。 2. 不需要编译，直接使用。 3. 如果用户希望安装到系统目录（如/usr/local），可以： sudo cp -r bin/* /usr/local/bin/ sudo cp -r doc/* /usr/local/share/doc/blast/ 4. 或者，按照上面提到的方法，将bin目录添加到PATH环境变量。 如果用户坚持要编译源代码，则指导用户下载源代码包。 因此，回答的重点是：区分预编译包和源代码包，并给出相应操作。 注意：用户之前下载的文件名可能是"ncbi-blast-2.17.0+-x64-linux.tar.gz"，这显然是预编译包。 所以，我们可以这样回答： 您好！您遇到的问题通常是因为您下载的是NCBI BLAST的预编译二进制包，而不是源代码包。预编译包解压后可直接运行，无需执行`./configure`命令。 请按照以下步骤解决： 1. **确认文件类型** 您之前下载的文件名应为类似`ncbi-blast-2.17.0+-x64-linux.tar.gz`，这表明是Linux平台的预编译二进制包。 解压后目录结构应包含： ``` bin/ # 存放可执行文件（如blastn） doc/ # 文档 LICENSE README ``` 2. **正确使用预编译包** - 解压：`tar -zxvf ncbi-blast-2.17.0+-x64-linux.tar.gz` - 进入目录：`cd ncbi-blast-2.17.0+` - 无需编译，直接运行测试： ``` ./bin/blastn -version ``` 应输出类似`blastn: 2.17.0+`的版本信息 3. **添加到环境变量（推荐）** 将BLAST可执行文件路径加入`PATH`： ```bash # 临时生效（当前会话） export PATH=$PATH:/您的路径/ncbi-blast-2.17.0+/bin # 永久生效（写入配置文件） echo "export PATH=\$PATH:$(pwd)/bin" >> ~/.bashrc source ~/.bashrc ``` 4. **如果确实需要源代码编译** 若您需要自定义编译参数或安装到特定平台，请重新下载**源代码包**： - 查找源代码包： ```bash curl -s https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ | grep -o 'ncbi-blast-.*-src.tar.gz' ``` - 下载并编译： ```bash wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.17.0+-src.tar.gz tar -zxvf ncbi-blast-2.17.0+-src.tar.gz cd ncbi-blast-2.17.0+-src/c++/ ./configure --prefix=/安装路径 # 如不指定则默认安装到/usr/local make make install ``` 5. **权限问题处理** 如果遇到权限错误，尝试： ```bash chmod +x bin/* # 对预编译包添加可执行权限 ``` 现在您可以正常运行BLAST工具了！如果仍有问题，请提供`ls`命令的输出以便进一步排查。 相关问题: 1. 如何验证BLAST预编译包的完整性？ 2. 如何更新本地BLAST数据库？ 3. 如何在非x64架构的Linux系统上编译BLAST？ 4. BLAST运行时出现动态链接库缺失如何解决？ </think> ### 解决 ncbi-blast-2.17.0 执行 `./configure` 报错 "No such file or directory" 的方法 #### 问题原因分析 1. **预编译包与源码包混淆**：从NCBI下载的`ncbi-blast-*-x64-linux.tar.gz`是预编译的二进制包，不包含`configure`脚本[^1][^3] 2. **目录结构差异**：预编译包解压后直接包含`bin`目录，而源码包才有`configure`脚本 ```bash # 预编译包结构示例 ncbi-blast-2.17.0+/ ├── bin/ # 可执行文件 ├── doc/ # 文档 └── LICENSE # 许可证 ``` 3. **版本号语法问题**：文件名中的`+`号（如`2.17.0+`）可能导致路径解析错误[^2] #### 解决方案 ##### ▶ 方案1：使用预编译包（推荐） 1. **确认文件类型**： ```bash ls -l ncbi-blast-* # 应为*.tar.gz格式 ``` 2. **解压并直接使用**： ```bash tar -zxvf ncbi-blast-2.17.0+-x64-linux.tar.gz cd ncbi-blast-2.17.0+/bin ./blastn -version # 验证安装 ``` 3. **配置环境变量**： ```bash echo 'export PATH=$PATH:/path/to/ncbi-blast-2.17.0+/bin' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc ``` ##### ▶ 方案2：获取源码包编译（需源码） 1. **下载源码包**： ```bash wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.17.0+-src.tar.gz ``` 2. **解压并编译**： ```bash tar -zxvf ncbi-blast-2.17.0+-src.tar.gz cd ncbi-blast-2.17.0+-src/c++/ # configure脚本在此目录 ./configure --prefix=/安装路径 # 添加安装路径 make make install ``` ##### ▶ 方案3：解决特殊字符问题 当文件名含`+`号时： ```bash # 使用引号包裹文件名 cd "ncbi-blast-2.17.0+" ./configure # 仅在源码包有效 ``` #### 验证安装 ```bash # 预编译包验证 blastn -version # 输出类似 "blastn: 2.17.0+" # 源码编译验证 /安装路径/bin/blastp -version ``` #### 关键注意事项 1. **确认包类型**： - 预编译包名：`ncbi-blast-*-x64-linux.tar.gz` - 源码包名：`ncbi-blast-*-src.tar.gz`[^1][^3] 2. **避免目录权限问题**： ```bash sudo chmod -R 755 ncbi-blast-2.17.0+ # 解决权限错误 ``` 3. **新版安装指南**： - 预编译包无需`./configure` - 运行文件直接在`bin/`目录下[^2]