如何利用cytoscape构建circRNA与miRNA和mRNA之间的ceRNA网络
时间: 2025-06-28 09:05:20 AIGC 浏览: 54
### 使用 Cytoscape 构建 circRNA、miRNA 和 mRNA 之间 ceRNA 网络的方法
#### 准备工作
为了构建 circRNA、miRNA 和 mRNA 的竞争内源 RNA (ceRNA) 网络,需准备三类分子间的相互作用数据集。这些数据可以通过公共数据库获取或实验验证得到。
#### 导入数据至 Cytoscape
启动 Cytoscape 软件 v3.6.1 或更高版本后,选择 `File` -> `Import` -> `Network from File...` 来导入预先整理好的节点和边文件。确保每种类型的交互都保存在一个单独的表格中,每一列表示不同的属性如 ID、名称等;而边则应包含起始节点ID、终止节点ID及其权重或其他关联度量[^1]。
#### 创建网络视图
一旦所有必要的关系被成功加载进来之后,在左侧工具栏点击 “Create Network from Table(s)” 图标来生成初步可视化图形。此时可能会看到较为杂乱无章的画面,这是因为还没有设置布局算法使得结构更加清晰有序。
#### 应用合适的布局
对于复杂多样的生物分子间联系来说,“Force-directed Layouts” 是一种不错的选择因为它能够模拟物理世界中的弹簧模型从而让紧密相连的部分聚集在一起形成模块化特征明显的小团体。具体操作路径为 `Layout` -> `Group by Attribute…` 并选取恰当分类依据(比如按照物种或者功能区分开),接着再执行一次全局优化命令即 `Layout` -> `Apply Preferred`.
#### 添加额外信息层
除了基本框架外还可以进一步丰富图表内容,例如利用颜色编码区分不同种类的对象或是调整大小反映重要程度差异等等。这一步骤可通过右侧面板内的样式编辑器完成——双击感兴趣的项目进入自定义界面设定相应规则即可实现预期效果。
#### 验证与解释结果
最后但同样重要的环节在于仔细审视所得出的关系模式是否合理有效,并尝试从中挖掘潜在规律用于后续深入探究。如果有必要的话可以借助统计测试手段评估显著性水平确认发现的真实性价值所在。
```python
import pandas as pd
from cytoscape import CyRestClient
cyto = CyRestClient()
network = cyto.network.create_from(data=pd.read_csv('interactions.csv'), collection='My Collection')
layout = network.apply_layout('force-directed', randomize=False)
style = layout.get_visual_style().update_defaults({
'NODE_FILL_COLOR': '#FFAAAA',
'EDGE_TRANSPARENCY': 180,
})
```
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