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fit <- jags.model('piecewise.jag', data=jagsData, n.chains=4, n.adapt=1000)

时间: 2023-06-17 15:05:36 浏览: 245
这段代码是在使用JAGS(Just Another Gibbs Sampler)软件包来运行贝叶斯分析。在这里,我们使用了一个名为'piecewise.jag'的JAGS模型,并将数据传递给模型。 'n.chains'参数指定我们要运行的MCMC链的数量,'n.adapt'参数指定我们要进行自适应迭代的次数。这将返回一个'fit'对象,该对象包含了JAGS模型的结果和诊断信息。
相关问题

model <- jags.model(model_text, data=jagsData, n.chains=1, n.adapt=1000)

这段代码是在R语言中使用JAGS(Just Another Gibbs Sampler)进行贝叶斯统计分析建模的,其中: - `model_text`是一个包含JAGS语言代码的字符串,描述了模型结构和参数分布等信息。 - `jagsData`是一个包含了数据的列表,用于传递给JAGS模型进行计算。 - `n.chains`指定了MCMC(Markov Chain Monte Carlo)采样时使用的独立链的数量。 - `n.adapt`指定了在开始采样之前进行自适应阶段的迭代次数,用于调整采样方法和参数。 在执行这段代码之后,JAGS会对模型进行编译并生成MCMC采样的算法,然后使用传递给它的数据进行采样计算,得到参数的后验分布。

Piecewise exponential model set.seed(1) uniq <- with(Data, sort(unique(Time[Death==1]))) a <- c(0, uniq[-length(uniq)] + diff(uniq)/2, max(Data$Time)+1) # Cut points jagsData <- with(Data, list( n = nrow(Data), # Number of subjects J = length(uniq), # Num of gaps between failure times K = length(uniq), # Num of lambda values to estimate t = Time, # Time on study d = Death, # 1 if event (death) observed Z = Group - 1.5, # Group (+0.5 / -0.5) a = a, # Cut points period = 1:length(uniq))) # Maps lambdas to intervals fit <- jags.model('piecewise.jag', data=jagsData, n.chains=4, n.adapt=1000) post <- jags.samples(fit, c('beta', 'lam'), 10000) post1 <- post在给定代码中,fit里的piecewise.jags具体是什么?这里应该有一个model的function。给定数据集包括变量Group,将40个对象分为两组,其中包括生存时间和是否死亡的状态

在给定的代码中,'piecewise.jag'是一个文本文件,包含JAGS模型的代码。这个文件需要定义模型中的变量、参数、先验分布、似然函数和采样方法等。具体而言,这个模型文件应该至少包含以下内容: 1. 声明模型变量和参数,包括样本大小n,时间向量t,死亡状态向量d,分组指示变量Z,分割时间点向量a,以及需要估计的参数beta和lambda。 2. 声明先验分布,包括beta和lambda的先验分布。 3. 声明似然函数,这里需要定义一个piecewise exponential model,其中每个时间段的死亡率是一个指数分布,参数为lambda。 4. 声明采样方法,这里可以使用MCMC算法,例如Gibbs sampling。 在这个模型中,我们在时间轴上将观测时间点分为若干个区间,每个区间内的死亡率是一个常数,但不同区间之间的死亡率可能不同。因此,我们需要估计每个区间的死亡率参数lambda,以及分割时间点向量a。由于lambda是正实数,因此可以使用对数正态分布或Gamma分布作为先验分布。
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setwd('C:\\Users\\SGX\\Desktop\\肺栓塞meta') library(gemtc) # 核心NMA分析 library(rjags) # MCMC计算引擎(需提前安装JAGS软件) library(BUGSnet) # 高级可视化与诊断 library(xlsx) library(dplyr) library(tidyr) # 数据处理 library(ggplot2) # 绘图 library(scales) # 图形缩放 library(RColorBrewer)# 颜色方案 library(igraph) library(forestploter) library(readr) data <- read.csv('mortality_data.csv', sep=',', header=T) treatments <- read.csv('treatment.csv', sep=',', header=T) network <- mtc.network(data, treatments = treatments) summary(network) # 提取样本量数据(按干预措施汇总) sample_sizes <- data %>% group_by(treatment) %>% summarise(sampleSize = sum(sampleSize)) %>% left_join(treatments, by = c("treatment" = "id")) # 关联干预名称 # 绘制网络图 plot( network, use.description = TRUE, # 使用 treatments$description 作为节点标签 vertex.label.cex = 1.2, # 标签字体大小 vertex.size = sample_sizes$sampleSize / 50, # 按样本量缩放节点大小(调整除数控制比例) vertex.label.color = "black", # 标签颜色 vertex.color = "skyblue", # 节点填充色 vertex.frame.color = "gray", # 节点边框色 edge.color = "darkgrey", # 边颜色 edge.width = 2, # 边宽度 layout = layout_in_circle, # 布局方式(可选:layout.fruchterman.reingold) main = "Network Evidence Graph of Interventions" # 标题 ) plot(network, use.description = TRUE) model <- mtc.model( network, type = "consistency", likelihood = "binom", link = "logit", linearModel = "random", n.chain = 4 # 正确位置:此处设置链数 ) # MCMC 运行与收敛诊断 results <- mtc.run( model, n.adapt = 100000, #退火迭代 n.iter = 200000, # 正式迭代 thin = 10 # 抽样间隔 ) # 移除非法的 n.chains 参数 #异质性检验 #执行异质性分析 result.anohe <- mtc.anohe(network) summary.anohe <- summary(result.anohe) # 输出异质性统计量 print(summary.anohe$isquared.comp) # 各比较 I² print(summary.anohe$isquared.glob) # 整体 I² print(summary.anohe$tau2) # 研究间方差 τ² # 4. 输出包含整体 I² 的 PDF pdf("anohe_with_global_I2.pdf", width=8, height=10) plot(summary.anohe, xlim=c(-5, 5)) mtext(paste("Global I\u00B2 =", round(summary.anohe$isquared.glob$i2.cons, 1), "%"), side=3, line=0.5, adj=1) dev.off() 如果上面我用的代码是这个,那么异质性检验的代码该是

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