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用python把多个fasta文件合并

时间: 2024-09-30 07:06:51 浏览: 288

在Python中，你可以使用生物信息学库Biopython来处理FASTA文件并合并它们。以下是一个简单的示例，说明如何读取多个FASTA文件并将内容合并到一个新的FASTA文件中： ```python from Bio import SeqIO def merge_fasta_files(input_files, output_file): # 创建一个空的SeqRecord列表用于存放合并的内容 records = [] # 遍历输入文件列表 for input_file in input_files: with open(input_file, 'r') as handle: # 使用Bio.SeqIO逐条读取FASTA记录 for record in SeqIO.parse(handle, "fasta"): records.append(record) # 将所有记录写入到输出文件 with open(output_file, 'w') as handle: SeqIO.write(records, handle, "fasta") # 示例：合并名为input1.fasta, input2.fasta等的文件到output.fasta input_files = ['input1.fasta', 'input2.fasta'] # 替换为你实际的文件路径 merge_fasta_files(input_files, 'merged_output.fasta') ``` 在这个脚本中，`SeqIO.parse()`函数用于从每个输入文件中读取FASTA序列，然后`SeqIO.write()`将这些序列写入到输出文件。确保先安装了Biopython库，如果没有安装，可以使用pip安装：`pip install biopython`。

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