Gating-ML: 介绍MATLAB中用于细胞计数数据处理的功能

-matlab开发" Gating-ML 是一种基于XML（可扩展标记语言）的数据描述格式，用于在流式细胞术（Flow Cytometry，简称FCM）分析中标准化地描述门（gating）、变换（transformation）和补偿（compensation）的应用。该标准由国际流式细胞术标准化委员会（International Society for the Advancement of Cytometry，ISAC）的生物信息学标准化工作组（Bioinformatics Standards Group）维护，并被广泛应用于生物医学研究和临床诊断。 在Gating-ML的上下文中，门（gating）是指用于确定细胞亚群的逻辑条件；变换（transformation）是指对数据进行的数学变换，用以线性化或标准化数据的表示形式，例如对数转换和双对数（logicle）转换；补偿（compensation）是处理荧光重叠的计算过程，它能够在多色流式细胞术中校正信号的交叉。Gating-ML通过定义这些元素和它们之间的关系，使得流式细胞术数据能够在不同的仪器和软件之间具有更好的兼容性和可移植性。 在Matlab环境下，Gating-ML可以用于读取和应用Gating-ML文件定义的门、变换和补偿。使用gatingML类的对象可以实现这一过程。具体步骤如下： 1. 创建gatingML对象：首先需要通过指定Gating-ML文件来创建gatingML对象。这可以通过调用gatingML构造函数实现。构造函数会解析Gating-ML文件，并基于文件中定义的参数和设置初始化对象。 2. 加载fcs文件：一旦创建了gatingML对象，就可以将该对象与特定的fcs（Flow Cytometry Standard，流式细胞术标准）文件相关联。这一步骤需要使用load_fcs_file方法。fcs文件包含了流式细胞术实验中收集的原始数据。 3. 应用门（Gates）：最后，需要将定义好的门应用到加载的fcs文件上。这可以通过apply_gate方法完成。apply_gate方法会根据gatingML对象中定义的门逻辑，从fcs数据中筛选出相应的细胞子群。 为了使gatingML类能够正常工作，用户需要安装Matlab File Exchange上提供的两个必要的函数：XMLNode函数（#34711）和fca_readfcs函数（#9608）。这两个函数分别用于处理XML文件和读取fcs文件。此外，如果需要使用logicle或超级日志（hyperlog）变换，还需要下载并安装相应的转换函数logicleTransform（#45022）和hyperlogTransform（#45034）。这些转换函数支持特定的数学变换，对于分析流式细胞术数据至关重要。 gatingML对象通常具有多种方法和属性来支持数据的读取、处理和分析。例如，gatingML对象可能包含门的数据结构、变换的参数以及补偿的设置等信息。这些方法和属性允许开发者在Matlab环境中灵活地处理和分析流式细胞术数据，进而进行细胞亚群的识别和定量分析。 Gating-ML的Matlab实现为流式细胞术数据处理提供了重要的标准化工具，可以有效地提升不同实验室和研究机构间数据共享的效率和准确性。这对于促进生物医学研究的发展和临床应用的精确化具有重要的意义。