Discussion :

[K.Aridj]

J'ai r�aliser un programme dans python afin de fragmenter une longue s�quence prot�ique de plus de 600 acides amin�s en petits fragments de 200aa et les sauvegarder dans des sous fichiers ,mais ca fonctionne pas quand je ferais l'ex�cution...

Code python :

S�lectionner tout - Visualiser dans une fen�tre � part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
from Bio import SeqIO
from Bio.Seq import Seq
 
def LireFASTA(chemin):
    print("------------------------------ Lecture ------------------------------")
 
 
    seqs = [] 
    for record in SeqIO.parse(chemin, "fasta"):
        seqs.append(str(record.seq))
    return seqs
def fragmentersequence(seq):
    print("......................Fragmenter..................")
 
    fragment_sequence = []
    j=0
    n=0
    m=200
    if len(seq)>600 :     
        for i in seq:
                fragment_sequence= i[n:m]
                n=n+200
                m=m+200
                j=j+1
                print(fragment_sequence)
                count = SeqIO.write(fragment_sequence, "E:/fragment"+ str(j)+".txt", "fasta")
def program():
   chemin=input ("entrez chemin : ")
   res= LireFASTA(chemin)
   fragmentersequence(res)
 
if __name__ == '__main__':
   program()

[Gardyen]

Bonjour,

Tout d'abord pour afficher du code utilise la balise CODE (le signe #) pour un meilleur formatage.

Ensuite nous sommes dans un forum perl, le forum python serait plus appropri�.

Enfin, il existe une fonction split pour faire ce d�coupage.

Bon courage !

[CosmoKnacki]

Ta fonction LireFASTA() renvoie une liste de plusieurs s�quences (une liste de cha�ne de caract�res) alors que ta fonction fragmentersequence() prend en param�tre une seule s�quence (une cha�ne de caract�res).

Or dans la fonction program() tu passes la liste renvoy�e par LireFASTA() � ta fonction fragmentersequence() qui attend une simple cha�ne. �a ne peut pas marcher.

La logique de fragmentersequence() n'a pas l'air bonne: boucler sur chaque caract�re avec for i in seq: est une id�e plut�t bizarre. La seule chose sur laquelle il faut te concentrer, c'est la longueur de la s�quence et les positions o� tu vas faire tes d�coupages, pas besoin de passer tous les acides amin�s en revue. Donc une boucle conditionnelle qui compare la position du d�but de ta fen�tre (n dans ton code) avec la taille de la s�quence serait plus appropri�e.

Certaines choses ne sont pas claires dans ta question:

• Est-ce que ton fichier fasta de d�part contient plusieurs s�quences? Et si oui, ton programme doit-il toutes les traiter? (ceci implique de trouver une mani�re de nommer les fichiers automatiquement d'apr�s la description de la prot�ine du fichier fasta.)
• Dans le cas o� une s�quence d�passe les 600 acides amin�s, les fichiers r�sultants doivent-ils aussi �tre au format fasta (c'est � dire commen�ant par une description du type:>sp|Q6GZW6|009L_FRG3G Putative helicase 009L OS=Frog virus 3 (isolate Goorha) OX=654924 GN=FV3-009L PE=4 SV=1) ou doivent-ils juste contenir le morceau de s�quence?