1 pi�ce(s) jointe(s)
Fragmenter une sequence (fichier FASTA) :
J'ai r�aliser un programme dans python afin de fragmenter une longue s�quence prot�ique de plus de 600 acides amin�s en petits fragments de 200aa et les sauvegarder dans des sous fichiers ,mais ca fonctionne pas quand je ferais l'ex�cution...
Code:
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| from Bio import SeqIO
from Bio.Seq import Seq
def LireFASTA(chemin):
print("------------------------------ Lecture ------------------------------")
seqs = []
for record in SeqIO.parse(chemin, "fasta"):
seqs.append(str(record.seq))
return seqs
def fragmentersequence(seq):
print("......................Fragmenter..................")
fragment_sequence = []
j=0
n=0
m=200
if len(seq)>600 :
for i in seq:
fragment_sequence= i[n:m]
n=n+200
m=m+200
j=j+1
print(fragment_sequence)
count = SeqIO.write(fragment_sequence, "E:/fragment"+ str(j)+".txt", "fasta")
def program():
chemin=input ("entrez chemin : ")
res= LireFASTA(chemin)
fragmentersequence(res)
if __name__ == '__main__':
program() |
