39th MTG in NIBIO
- 1. 2014/12/26 第39回統合DBミーティング Integrated MTG in NIBIO 1
- 2. 本日の予定 • Sagace – アクセス解析 – 進捗報告 – メタデータ付与促進ツールについて – 新規追加DBについて • 医薬基盤研内のデータのRDF化 – 化合物からの副作用データ取得について • SPARQLthonの報告 • 分子生物学会のブース展示 – 感想・反省 2
- 3. 進捗報告 • メディカルバイオリソースDB, 実験動物研 究資源バンク，難病情報センターの最終更 新日を取得 • 実験動物研究資源バンクの画像を取得 • 検索中のアニメーションを追加 • Open TG-GATEs病理写真版で生物種のリ ンクの追加 3
- 6. 医薬基盤研内のデータのRDF化 • SIDER経由で化合物から副作用情報を取得 • 副作用のみを出す場合 6 PREFIX dcterms: <http://purl.org/dc/terms/> PREFIX sider_vocab: <http://bio2rdf.org/sider_vocabulary:> PREFIX bio2rdf: <http://bio2rdf.org/bio2rdf_vocabulary:> select distinct ?side_effect where{ ?drug sider_vocab:generic-name ?generic; sider_vocab:pubchem-compound-id ?pubchem; sider_vocab:side-effect ?side. ?generic dcterms:title "allopurinol"@en . ?pubchem bio2rdf:identifier ?pubchem_id. ?side dcterms:title ?side_effect. } ORDER BY ?side_effect
- 7. クエリのイメージ図 7
- 8. 医薬基盤研内のデータのRDF化 • SIDER経由で化合物から副作用情報を取得 • 副作用と頻度も出す場合 8 PREFIX dcterms: <http://purl.org/dc/terms/> PREFIX sider_vocab: <http://bio2rdf.org/sider_vocabulary:> SELECT distinct ?side_effect ?frequency_data WHERE { ?drug sider_vocab:generic-name ?generic; sider_vocab:pubchem-compound-id ?pubchem_id. ?drugeffect sider_vocab:drug ?drug; dcterms:title ?drugeffectname; sider_vocab:reported-frequency ?frequency. ?frequency dcterms:title ?frequency_data; sider_vocab:preferred-term ?side. ?side dcterms:title ?side_effect. }
- 9. クエリのイメージ図 9
- 10. 作業概要 • Bio2RDFのSPARQL Endpointでクエリを作成 • SIDERのデータを一括ダウンロード，OWLIMに アップロード • Open TG-GATEsで扱っている化合物に対してリ ンクする方法を模索 – PubChem IDで繋げることに – 元データにPubChem IDを付与 – SIDERのRDFに化合物の文字情報（from Open TG- GATEs)を追加 – SIDERのRDFの化合物情報を一元化した新しい predicateを作成。 10
- 12. 化合物のリンク付けについて • 170化合物中 – 58化合物は頻度まで取得可能 – 43化合物は副作用情報のみ取得可能 – 他の化合物については，そもそもSIDERに無 い可能性が高い 12
- 14. 相談事項 • 疾患名のまとめ方について – ICD10とのマッピング→半数程度 – MedDRA • 慶応義塾大学SFC研究所 or (財)国際医学情報セン ター（IMIC）でOWLが作成されているらしい • おそらく有料 – 頻度の表示の仕方 • ダウンロードフォーマット – csv, json, rdf ? 14
- 15. 今後の予定 • 遺伝子発現データとの統合 • （スキーマの修正） • （RDFのダウンロード機能の追加） 15
- 16. 分子生物学会 反省・感想 • 分子生物学会全般 • ブース • NBDCへの要望等 – 準備，当日，学会後 16
- 17. SPARQLthonの報告 • 12月18日（木）＠三島 – Open TG-GATEsの化合物データのうち， SIDERに紐付けられ無い化合物の調査 with 時 松さん@DBCLS – ICD10のRDFの不備の有無を確認（LSDとの マッピングの調査） with 山本さん@DBCLS 17
- 18. 今後の予定 • 次回 1月23日（金) or 30日（金） • 国内版 BioHackathon – 2月2日∼6日 18
Editor's Notes
- #17: 2人の役割分担（説明と，アンケートの書き取り）を明確にすればよかったかも。