Download to read offline
Uploaded byNesha Mutiara
Mikrobiologi Farmasi : Pembahasan Soal Identifikasi Bakteri Secara Molekular
The document outlines a molecular identification worksheet for bacteria, detailing a scenario where a microbiology researcher analyzes six bacterial isolates from an environmental sample using PCR and DNA sequencing. It requires the identification of these isolates based on nucleotide sequences using NCBI's BLAST and the creation of a phylogenetic tree using Clustal Omega. The document concludes with potential bacterial species identified for each isolate based on the highest homology percentages from the BLAST results.
Mikrobiologi Farmasi : Pembahasan Soal Identifikasi Bakteri Secara Molekular
- 1. WORKSHEET IDENTIFIKASI BAKTERISECARA MOLEKULER KELAS G Nama Mahasiswa : Nesha Mutiara NPM : 2017210155 Kelas : G Tanggal : 14 Mei 2020 SKENARIO Anda adalah seorang peneliti di laboratorium mikrobiologi. Anda memperoleh enam isolat bakteri dari suatu sampel lingkungan. Anda telah melakukan isolasi DNA genom serta mengamplifikasi gen pengkode 16S rRNA keenam isolat bakteri tersebut menggunakan PCR. Hasil PCR kemudian Anda sequencing, dan berikut adalah sequence basa nukleotida dari enam isolat bakteri tersebut. TUGAS 1. Identifikasilah enam jenis isolat tersebut berdasarkan sequence basa nukleotida yang ada, menggunakan program BLAST nucleotida dari NCBI. Screen shoot 10 species dengan %homology tertinggi berdasarkan hasil BLAST Anda! Tuliskan kemungkinan jenis spesies dari setiap isolat! 2. Buatlah pohon filogenetik yang menunjukkan hubungan kekerabatan enam spesies isolat tersebut, menggunakan program Clustal W dari Clustal Omega! Screenshoot gambar Pohon Filogenetiknya (Phylogenetic tree) dan Guide Tree berdasarkan hasil analisis dengan Clustal W. Mana isolat yang hubungan kekerabatannya dekat? Jelaskan dengan membandingkan gambar filogenetik dengan hasil identifikasi spesies dari hasil BLAST pada tugas nomor 1! Berikut adalah query sequence dari enam isolat bakteri: >A AACGGTAGCTAATACCGCATAACGTCGCAAGACCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTTGCCATCGGATG TGCCCAGATGGGATTAGCTAGTAGGTGGGGTAACGGCTCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGA GGATGACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGC ACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTATGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGTACTTTC AGCGGGGAGGAAGGGAGTAAAGTTAATACCTTTGCTCATTGACGTTACCCGCAGAAGAAGCACCGGCTAA CTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCAC GCAGGCGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAATCCCCGGGCTCAACCTGGGAACTGCATCTGATACTGGCAAG CTTGAGTCTCGTAGAGGGGGGTAGAATTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACC GGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAAACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTA GATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCGACTTGGAGGTTGTGCCCTTGAGGCGTGGCTTCCGGA GCTAACGCGTTAAGTCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGC CCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCA CAGAACCTTGTAGAGATACGAGGGTGCCTTCGGGAACTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCT CGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTTGTTGCCAGCGGTCCGGC CGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCC TTACGACCAGGGCTACACAC
- 2.
- 3. TAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAG ACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGC GAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGACAATCCTAGAGATAGGACGTCCCCTTCGGGGGCAGAGT GACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGC >E TGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATAACATTTTGAACCGCATGGTTCGAAATTGAA AGGCGGCTTCGGCTGTCACTTATGGATGGACCCGCGTCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACC AAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCC TACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGAT GAAGGCTTTCGGGTCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCTAGTTGAATAAGCTGGCACCTTG ACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGT TATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGTGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCA ACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGGAGACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGG TGAAATGCGTAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACACTGAGG CGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGT GTTAGAGGGTTTCCGCCCTTTAGTGCTGAAGTTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCA AGGCTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAAC GCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGAAAACCCTAGAGATAGGGCTTCTCCTTCGGGAGCAGA GTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCA ACCCTTGATCTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAG GTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACGGTACAA AGAGCTGCAAGACCGCGAGGTGGAGCTAATCTCATAAAACCGTTCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACT CGCCTACATGAAGCTGGAAT >F GACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGGACAGATGGGAGCTTGCTCCCTGATGTTA GCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCT AATACCGGATGCTTGTTTGAACCGCATGGTTCAAACATAAAAGGTGGCTTCGGCTACCACTTACAGATGG ACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAG GGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCG CAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTG TTAGGGAAGAACAAGTGCCGTTCAAATAGGGCGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAA CTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTC GCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGAA CTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACC AGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTA GATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGC AGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGG CCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTT Kesimpulan: BLAST 1. 10 spesiesdengan persentase homologi tertinggi berdasarkan hasil BLAST A kemungkinan mikroba jenis Shigella dysentriae strain NCTC 9718 chromosome 2. 10 spesies dengan persentase homologi tertinggi berdasarkan hasil BLAST B kemungkinan mikroba jenis Salmonella enterica strain R19 2839 chromosome 3. 10 spesies dengan persentase homologi tertinggi berdasarkan hasil BLAST C kemungkinan mikroba jenis Bacillus halodurans strain Alkali-2a 16S ribosomal RNA gene 4. 10 spesies dengan persentase homologi tertinggi berdasarkan hasil BLAST D kemungkinan mikroba jenis Bacillus subtilis strain 168 chromosome
- 4. 5. 10 spesiesdengan persentase homologi tertinggi berdasarkan hasil BLAST E kemungkinan mikroba jenis Bacillus pacificus strain J20BS2 16S ribosomal RNA gene 6. 10 spesies dengan persentase homologi tertinggi berdasarkan hasil BLAST F kemungkinan mikroba jenis Bacillus sp. (In: Bacteria) strain AGh1 16S ribosomal RNA gene Pohon Filogenetik Yaitu hubungan pojon poligenetik dengan hasil dari BLAST dapat dilihat kekerabatannya, bahwa spesies Shigella dysentriae (Isolat A) memiliki hubungan kekerabatan yang dekat dengan Salmonella enterica (Isolat B), sementara untuk spesies Bacillus subtilis (Isolat D) memiliki kekerabatan yang sangat dekat dengan Bacillus sp. (Isolat F) untuk Bacillus halodurans (Isolat C) dan Bacillus pacificus (Isolat E). Antara isolat bakteri D, F, dengan C, E masih memiliki kekerabatan yang dekat karena keempat isolat tersebut merupakan Bacillus sp. , sementara antara isolat A, B dengan D, F, C, E memiliki kekerabatan yang jauh, karena terilah dari pohon filogenetiknya.