cromwell中间文件问题

最新推荐文章于 2024-08-10 08:23:14 发布
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分类专栏： 生信
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本文链接：https://blog.csdn.net/qq_41551450/article/details/104947978
本文介绍Cromwell工作流管理系统如何处理输入文件的本地化，默认采用hard-link、soft-link及copy三种策略，确保任务顺利执行。文章还探讨了如何通过配置文件或命令行参数调整这些策略的顺序。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

默认情况下，Cromwell在收集运行的输入文件时会尝试3种本地化策略。它们按以下顺序连续应用，直到一个有效。

  • hard-link - 这将创建一个到文件的硬链接（而不是符号）链接
  • soft-link - 创建文件的符号链接。此策略不适用于指定Docker镜像的任务，将被忽略。
  • copy - 复制文件

可以通过在配置文件或命令行中指定新订单来覆盖此默认订单。由于配置文件位于Cromwell的源代码中，因此在命令行中指定新订单的最简单方法是，例如

java -Dfilesystems.local.localization="newOrder" ...

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