Deleted articles cannot be recovered. Draft of this article would be also deleted. Are you sure you want to delete this article? このシリーズは、Cytoscapeを使ってやIPython Notebook、Pandasなどのオープンソースツールを利用し、公開データを元に実際のグラフ可視化を行う過程を紹介する、可視化の実践者向けの記事です。 第一回 第二回 第三回 第四回 Cytoscapeを使った実際の可視化作業の流れ はじめに 誰にでも馴染みのある公開データを使って単純な例を作ろうと思い始めた今回の作業ですが、思いのほかデータ加工が面倒で、実際の可視化作業の解説まで時間がかかってしまいました。今回はいよいよPythonスクリプトから出力されたデータを使い、ファ
Deleted articles cannot be recovered. Draft of this article would be also deleted. Are you sure you want to delete this article? Cytoscapeとは？ Cytoscapeとは、欧米の研究機関によって開発されているオープンソースのネットワーク可視化ソフトウェアプラットフォームです。ネットワーク（数学の用語ではグラフ）可視化ソフトウェアとは、要するにデータを分析して、最終的には以下の様な描画を行うものです。 元となる情報は基本的に何でも良いので、以下の様な分野で利用されています: 遺伝子ネットワーク分析（主な開発目的です） ソーシャルネットワーク分析（日本語でも幾つか著作のあるJames Fowler教授にも協力していただいています） コンピュータ・ネットワークの
Announcing Cerebral v.2.8.2- January, 2012 We are pleased to announce the release of Cerebral v.2.8.2! In this updated version of the program, compatible with the new Cytoscape 2.8.2 release (Update courtesy of Winston Haynes), we introduce our new multi-experiment comparison tool. With this new functionality, users can now upload, compare, contrast and cluster quantitative data from multiple expe
Cytoscapeとは、生物学的ネットワーク（グラフ）を可視化＆解析できるオープンソースプラットフォームです。もともとは生物学的ネットワークのためにオブジェクト指向型言語Javaで書かれたソフトですが、もちろん生物以外を対象にすることもできます。手軽な操作でネットワークの画像を出力することができ、また解析をすることもできます。 今回は応用発展編として、大量データの読み込みの仕方、フィルターのかけ方、ネットワークの可視化について説明します。 見どころダイジェスト 00:00 1. Cytoscape で読み込めるファイル形式の説明 00:32 2. ネットワークデータ (galFiltered.csv) の内容説明 01:08 3. ネットワークデータ (galFiltered.csv) の読み込み 02:42 4. マイクロアレイデータ (galExpData.csv) の内容説明 03:
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ミシガン大学で行われているCytoscapeの会議Cytoscape retreat 2010に来ています。 その模様をまとめます。 1日目はプラグインのデモが主でした。私も発表させて頂いたのですがまずは私以外の方の発表についてまとめます。 Analyzing biological networks with CentiScaPe 中心性解析をやってくれるプラグインです。このネットワークのトポロジーと生物学的な情報との関連を見出そうとすることはかなりベタによくやられることでそのトポロジー指標となる様々なCentralityを計算、プロットまでやってくれるプラグインです。 Web service client and server for phosphositeplus database Cell signaling technologyという会社が運営しているphosphositeplus
ちょっとここで出来上がったグラフを観察。 【無料で使えるグラフ可視化ソフトCytoscapeを使用してファイアウォールのログを可視化する試み】 関連記事： Windowsファイアウォールのログをお手軽に可視化する(1) (2) (3) (4) 中央が自PCで、上にあるルータにDNSの問い合わせ(UDP53)をしています。そのルータはUPｎPの問い合わせをしている模様。 左上4つはメールサーバで、pop3で取得に行っています(TCP110)。 左下3つのホストは調べていないのでわかりませんが、黄色い点線で示されているように通信を遮断されているようです。 右側は家にあるもう一台のPCで、中央のPCとファイル共有(UDP137、TCP139、45)やVNC(TCP5900)でやり取りしています。特に、向こうからのアクセスは設定のとおりちゃんと赤くなっています。また、右のPCはUDP137、138
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